[发明专利]一个与黄瓜矮化株型性状相关CAPS标记及其应用

说明书

本发明提供了一个与黄瓜矮化株型性状相关CAPS标记及其应用，属于植物分子育种领域。首次公开了与黄瓜矮化株型性状紧密连锁的分子标记CAPS1，标记正向、反向引物序列分别为：5′TTGGACTGTACTACGCACC3′和5′TTTCTTACGGCATTCTTCAT 3′。在矮化与野生型株型材料构建的F2群体中，引物CAPS1在矮化材料的扩增产物能酶切出123bp和68bp两条带，野生型株系中只能跑出一条191bp条带，杂合植株可同时跑出191bp，123bp和68bp三条带。另外，利用实验室现有的86个正常株型品种材料也验证了该标记与矮化表型的连锁。本发明公开的与黄瓜矮化株型性状紧密连锁的分子标记，可用于黄瓜矮化株型基因定位和分子标记辅助育种。对于加快黄瓜品种的遗传改良进程，提高育种选择效率具有重要的理论和实践指导意义。

技术领域

发明涉及基因工程和分子生物学，属于分子遗传育种领域，提供了与黄瓜矮化株型相关的CAPS标记及其应用，利用分子标记辅助选择育种，提高黄瓜株型育种效率。

技术背景

黄瓜(Cucumis sativus L.2n＝2x＝14)属葫芦科甜瓜属典型的一年生蔓生草本植物，是世界上主要的蔬菜作物之一。株型是影响作物栽培方式及光合效率的关键因素，研究株型调控基因对于解析植物的形态建成、提高作物产量至关重要。

葫芦科物种株型相关性状的遗传受到育种家们的广泛关注。目前在甜瓜，西瓜，南瓜等作物种均有矮生基因的生理遗传分析以及定位克隆等方面的研究。黄瓜属于葫芦科一年生匍匐或攀援作物，在其大部分生长发育阶段，营养生长和生殖生长同时进行，叶片由茎顶端分生组织产生，花、侧枝和卷须由叶腋处产生，因此其生长点、叶片、卷须、分枝、花、果和茎共同决定了黄瓜的植株结构。主蔓作为所有营养器官的支撑，对株型形成扮演重要的骨架作用。黄瓜中目前也已经报道了与4类与主蔓相关的株型，分别为控制有限生长的基因de，矮化基因cp，侧枝抑制基因CLS以及控制下胚轴的基因SH1，然而株型相关基因在育种改良的应用目前还没有报道。利用以报道的基因进行连锁标记的开发和应用可以加速株型育种的筛选过程，对于黄瓜株型相关性状的定向挖掘和改良，具有重要的理论和实践作用。

CAPS标记是酶切扩增多态性序列标记技术，主要是针对PCR扩增的DNA片段进行限制性酶切分析，广泛应用于植物基因分型、定位克隆、分子鉴定和品种鉴定。近年来，高通量测序技术的发展使得SNP位点挖掘更加便利，这为利用SNP位点涉及CAPS标记提供了基础。利用高通量测序结合图位克隆等连锁手段开发与黄瓜矮化株型形状相连锁的CAPS标记，会加快黄瓜株型相关形状的定向遗传育种进程。

发明内容

(一)技术问题

本发明涉及一个与黄瓜矮化株型共分离的CAPS标记，该标记与紧凑矮化的表型性状密切相关，目的是为后续的黄瓜矮化株型基因的克隆和功能研究，以及矮化新材料创制、筛选提供理论和技术支撑，提高黄瓜优良品种定向选择效率。

(二)技术方案

本发明提供的一种与黄瓜矮化株型表型连锁的分子标记的特征在于：有一个CAPS标记与黄瓜紧凑且矮化基因紧密连锁，所述CAPS分子标记为下列引物对，其中核苷酸序列为5′→3′，

CAPS1：正向引物：5′TTGGACTGTACTACGCACC3′，

反向引物：5′TTTCTTACGGCATTCTTCAT 3′。

上述提供的用于检测黄瓜紧凑且矮化基因的分子标记方法为：

(1)提取待测黄瓜的基因组DNA。

(2)将所述的分子标记引物CAPS1加入PCR反应体系，并对黄瓜基因组的DNA进行PCR扩增；