[发明专利]一种病原微生物鉴定方法

权利要求书

1.一种宏基因组微生物测序数据的比对方法，其特征在于，包括如下步骤

1）数据获取：获取高通量测序得到的基因组测序数据；

2）数据过滤：将上述得到的测序数据依次进行低质量过滤和宿主过滤，得到过滤后的序列；

3）数据聚类：将上述过滤后的序列进行聚类得到聚类结果；

4）代表性序列获取：基于所述聚类结果获取代表性序列；

5）数据库序列选取：计算数据库中每条序列与上述代表性序列的距离值，依据距离值来筛选数据库中的序列；

6）物种比对：将步骤4）所选代表性序列与步骤5）中选取的数据库中的序列进行比对，并统计比对结果：当一序列唯一比对上一个物种定义为该物种的唯一比对序列，当一序列比对上至少两个物种定义为多重比对序列；

7）多重比对结果分析：对于每条多重比对序列，统计其与各个物种的核苷酸相似度，比较其与各个物种之间的核苷酸相似度值，优先将该多重比对序列分配到最大核苷酸相似度的物种；如果各个物种的核苷酸相似度相等，舍弃该多重比对序列。

2.权利要求1所述的比对方法，其特征在于，步骤1）中所述的测序数据是一代、二代、三代测序数据。

3.权利要求1-2任一所述的比对方法，其特征在于，步骤3）中，聚类后根据聚类结果将测序数据分成相应数目的cluster。

4.权利要求1-2任一所述的比对方法，其特征在于，步骤4）中，对每个cluster选取一条reads代表整个cluster。

5.权利要求1-2任一所述的比对方法，其特征在于，步骤5）中所计算的距离值反应数据库中的序列与测序数据的相似性，距离越大相似性越低，当距离值大于阈值时，舍弃该序列。

6.权利要求1-2任一所述的比对方法，其特征在于，所述微生物包括但不限于病原微生物。

7.权利要求1-2任一所述的比对方法，其特征在于，所述测序数据为ONT测序数据。

8.权利要求3所述的比对方法，其特征在于，步骤3）中，所述聚类基于UMAP算法进行聚类。

9.权利要求4所述的比对方法，其特征在于，选取规则为cluster内ANI值最大的reads。

10.一种宏基因组微生物鉴定方法，其特征在于，包括权利要求1-9任一所述的方法，且进一步包括如下步骤：

8）结果输出：统计各个物种的总序列比对reads数，即得到病原微生物的分析鉴定结果。

11.权利要求10所述的宏基因组微生物鉴定方法，其特征在于，所述总序列比对reads数为cluster对应的reads之和。