[发明专利]与紫色菜花颜色相关的分子标记在紫色菜花育种中的应用

说明书

本发明公开了与紫色菜花颜色相关的分子标记在紫色菜花育种中的应用，所述分子标记的序列如SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:3所示，其中，在所述SEQ ID NO:1第51bp处发生T/A突变，第51bp处碱基为T时菜花颜色为紫色；在所述SEQ ID NO:2第56bp处发生A/DelA突变，第56bp处碱基为AA时菜花颜色为紫色；在所述SEQ ID NO:3第52bp处发生GCCATC的Ins/Del突变，第52bp处碱基为Ins/Ins时菜花颜色为紫色；可在幼苗阶段对菜花颜色进行准确预测，KASP基因分型技术可以大批量检测应用，有助于提高紫色菜花品种的鉴定效率，缩短鉴定时间。

技术领域

本发明涉及生物分子检测及育种领域，具体涉及与紫色菜花颜色相关的分子标记及其应用。

背景技术

菜花，又称花菜、花椰菜或椰菜花，是一种美味且富含营养的常见蔬菜。菜花叶片颜色不同，呈现出不同花色的菜花。相比普通的白色菜花，紫菜花因含有更高水平的植物色素，具有更多的营养价值。因此，选育紫色菜花品种具有很高的实用价值。

研究表明菜花中紫色（Pr）基因突变后可以呈现出强烈的紫色突变表型。Pr基因编码的蛋白是R2R3 MYB，属于转录因子，与植物的颜色差异密切相关。（Chiu Li-Wei,etal.The purple cauliflower arises from activation of a MYB transcriptionfactor.[J].Plant Physiol,2010,154:1470-80.）。Or基因编码具有富含DnaJ Cys结构域的蛋白，控制菜花有色体的形成，影响叶片颜色。(Lu Shan,et al.The cauliflower Orgene encodes a DnaJ cysteine-rich domain-containing protein that mediateshigh levels of beta-carotene accumulation.[J].Plant Cell,2006,18:3594-605.)。通过基因组测序，与参考基因组相比，寻找紫色菜花所具有的特征SNP变异及InDel变异，进行BSA关联分析，特别是针对Pr和Or基因上的多态位点进行菜花颜色关联分析，可以鉴定到与紫色菜花相关的多态性位点。

竞争性等位基因特异PCR(KASP)技术是近年来应用广泛的、先进的分子标记技术，可以对基因组（DNA）中SNPs和特定位点上的InDels进行精准的双等位基因判断。KASP技术检测分子标记的方法是一种低成本、高通量的新型快捷的鉴定方法，在作物育种中应用较为广泛。然而目前尚缺少够区分紫色菜花品种的KASP分子标记。因此，开发菜花紫色颜色相关基因的KASP分子标记对于推广普及分子标记技术的应用，以及提高我国紫色菜花育种效率和育种水平具有重要意义。

发明内容

鉴于现有技术中的上述缺陷或不足，期望提供与一种与紫色菜花颜色相关的分子标记及其应用。

本发明进一步提供了一种与紫色菜花颜色相关的分子标记，所述分子标记的序列如SEQ ID NO:1所示，其中，在所述SEQ ID NO:1第51bp处发生T/A突变，第51bp处碱基为T时菜花颜色为紫色；

如SEQ ID NO:2所示，其中，在所述SEQ ID NO:2第56bp处发生A/DelA突变，第56bp处碱基为AA时菜花颜色为紫色；

如SEQ ID NO:3所示，其中，在所述SEQ ID NO:3第52bp处发生Ins/Del突变（InsGCCATC/Del GCCATC），第52bp处碱基为Ins/Ins时菜花颜色为紫色；

如SEQ ID NO:4所示，其中，在所述SEQ ID NO:4第102bp处发生Ins/Del突变，第102bp处碱基无法扩增时菜花颜色为紫色；