[发明专利]基于全基因组测序的多态性分子标记和制备方法及应用

说明书

本申请涉及生物信息技术领域，尤其涉及基于全基因组测序的多态性分子标记和制备方法及应用；所述分子标记包括81组引物对，引物对的序列如SEQ ID NO.1至SEQ ID NO.162所示；所述方法包括：将五丰B和广恢308的基因组DNA建库和测序，得到原始数据，质控筛选，得到有效数据；将有效数据和参考基因组比对组装，得到比对文件；得到五丰B和广恢308的一致性序列；比对一致性序列，得到InDel位点；根据InDel位点，得到设计引物序列；将设计引物序列在基因组中检索比对，得到标记引物；PCR扩增和电泳检测，得到电泳结果图；根据电泳结果图，判断标记引物是否为多态性分子标记；所述应用包括：将分子标记用于水稻遗传图谱构建、QTL定位、分子标记辅助育种及遗传多样性分析中。

技术领域

本申请涉及生物信息技术领域，尤其涉及基于全基因组测序的多态性分子标记和制备方法及应用。

背景技术

水稻是我国主要粮食作物之一，也是我国植物新品种保护条例涵盖的第一批保护作物之一。水稻的分类方式繁杂，按照稻谷类型，水稻可分为籼稻和粳稻、早稻和中晚稻，糯稻和非糯稻，而如何准确判定水稻种苗属于何种水稻，是衡量种苗质量的重要指标，直接影响水稻的产量、品质和经济效益，因此各级农作物品种审定机构和种子种苗生产部门对水稻品种伪劣鉴定日益重视，目前多采用SSR标记或构建指纹图谱等方式进行鉴定。同时，分子标记也被广泛应用于连锁图谱构建、基因定位、分子辅助育种等，但是由于现有的SSR标记在水稻12条染色体上的位点分布不均，并且大部分SSR标记仅对于籼稻和粳稻的组合才有较好的多态性选择，而对于占据绝大部分种植面积是籼稻与籼稻的组合品系，都不具有多态性或者差异性极小而难以区分。

因此，如何提供针对籼稻组合的多态性分子标记，是目前亟需解决的技术问题。

发明内容

本申请提供了基于全基因组测序的多态性分子标记和制备方法及应用，以解决现有技术中籼稻组合的多态性分子标记匮乏的技术问题。

第一方面，本申请提供了基于全基因组测序的多态性分子标记，所述分子标记包括81组引物对，所述引物对的序列如SEQ ID NO.1至SEQ ID NO.162所示，其中，所述分子标记以籼型保持系杂交水稻和籼型恢复系杂交水稻的全基因组制备得到。

可选的，所述籼型保持系杂交水稻为籼稻品种五丰B，所述籼型恢复系杂交水稻为广恢308。

第二方面，本申请还提供了基于全基因组测序的多态性分子标记的制备方法，所述方法用于制备第一方面所述的分子标记，所述方法包括：

分别得到籼型保持系杂交水稻和籼型恢复系杂交水稻；

将所述籼型保持系杂交水稻和所述籼型恢复系杂交水稻进行DNA文库构建和测序，得到包含籼型保持系杂交水稻基因组和籼型恢复系杂交水稻基因组的原始数据；

根据所述原始数据经过质控筛选，得到质控后的有效数据；

将所述有效数据和参考基因组进行比对组装，得到比对文件；

根据所述比对文件，分别得到所述籼型保持系杂交水稻的一致性序列和所述籼型恢复系杂交水稻的一致性序列；

将籼型保持系杂交水稻的所述一致性序列和籼型恢复系杂交水稻的所述一致性序列进行比对，得到InDel位点；

根据每个所述InDel位点，得到多对设计引物序列；

将所述设计引物序列在所述籼型保持系杂交水稻基因组和所述籼型恢复系杂交水稻基因组中进行检索比对，得到特异性高的标记引物；

以所述籼型保持系杂交水稻的基因组和所述籼型恢复系杂交水稻的基因组为模板，对所述标记引物进行PCR扩增和电泳检测，得到电泳结果图；

根据所述电泳结果图，判断所述标记引物是否为多态性分子标记；