[发明专利]诊断结核病以及区分活动性和潜伏性结核病的方法

说明书

提供了用于在疑似感染结核分枝杆菌(MTB)的患者中检测结核分枝杆菌感染以及用于区分活动性和潜伏性结核感染的组合物和方法。所述方法还可以用于监测MTB感染的进展或监测MTB感染患者的治疗。基因表达水平的变化用于辅助结核病的诊断、预后和治疗。

技术领域

提供了用于诊断结核病的组合物和方法。特别地，本公开涉及可用于在单一测定中检测感染结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis，MTB)的患者和区分潜伏性结核感染(LTB或LTBI)和活动性结核(ATB)的标志物和标志物组。

背景技术

结核病(TB)是一个世界性的公共卫生问题，其中在2018年就有900万例新感染和150万例死亡(世界卫生组织全球结核病规划，全球结核病报告。瑞士日内瓦：世界卫生组织；2019年(Global Tuberculosis Programme,World Health Organization.Globaltuberculosis report.Geneva,Switzerland:World Health Organization；2019))。尽管在诊断和治疗方面取得了进步，但是仍然存在很大的疾病负担，并且估计有17亿人患有潜伏性结核病。鉴定患有LTBI的患者很重要，因为如果不治疗，大约5-10％的患者将在其一生中进展为ATB。TB难以准确诊断；传统方法诸如结核菌素皮肤测试和干扰素γ释放测定(IGRA)无法区分潜伏性TB感染(LTBI)和活动性TB(ATB)，并且在HIV阳性患者中具有较低的灵敏度。MTB/RIF测定(Sunnyvale，CA)测定是一种PCR测试，并且对于ATB具有显著改善的诊断能力。这种测定经过优化以使用诱导痰，所述诱导痰难以从症状改善后的成人或从任何时候的儿科患者中获得。因此，目前的方法可能会得到基于血液的诊断和治疗反应测试的补充，所述测试可以用于检测潜伏性和活动性感染，并且区分ATB和LTBI，优选地在单一测定中。

还需要监测对治疗的反应和用于预测哪些患者处于从LTBI进展为ATB的风险中的更好方法。此外，在短时间量内获得结果、允许不同的样品类型和利用更少的试剂是有益的。

发明内容

公开了用于鉴定在个体中存在或不存在结核病(TB)并且进一步确定感染TB的那些个体是否患有ATB或LTBI的组合物和方法。特别地，公开了可用于检测并且区分ATB与LTBI以及MTB与未感染的标志物和标志物组。在一些情况下，提供了使用生物标志物以在单一测定中诊断结核病状态的方法。特别地，本发明人已经发现了可以被测量的生物标志物的单个组，并且该单个组的第一子组可以用于检测结核感染的存在并且该单个组的第二子组可以用于在感染患者中区分ATB与LTBI。这些生物标志物可以单独地或与一种或多种另外的生物标志物或相关临床参数组合地用于结核病的预后、诊断、评估其进展风险或监测其治疗。基于诊断，可以为患者提供结核病预防性治疗(TPT)和任选的对于ATB的全程治疗。在一些实施方案中，用于分析的生物标志物选自IFN-γ、MIG、IP10、IL2、FoxP3、PLAU、SLPI、VEGFA、DUSP3、GBP5、GBP1P1、ANKRD22、SERPING1、PTGS2和IL10。例如，通过定量RT-PCR测量所选生物标志物的mRNA水平，并且可以在第一分析中分析结果以确定个体是否感染或已经感染结核分枝杆菌(MTB)，并且在第二分析中分析结果以确定被感染的个体是否患有LTBI或ATB。在一些实施方案中，将标志物的mRNA水平相对于一种或多种内源性对照进行标准化。可以使用内部对照诸如管家基因。在一些实施方案中，内源性对照选自ABL mRNA、TBPmRNA和CD3E mRNA。在一些实施方案中，选择预期在来自患有和未患有ATB或LTBI的受试者的样品中以类似水平表达的内源性对照。在一些实施方案中，样品是血液样品。在一些实施方案中，样品可以相对于T细胞标志物诸如CD3E、CD4或CD8的水平进行标准化，或者相对于固定数量的PBMC进行标准化。

在一些实施方案中，将选自TNFA、TGFA、IL2RA、IL8、IL12B、CISH、FLT1、LINC01093、KLF2、PRDX1、CCL7的一种或多种另外的生物标志物添加到被测量和分析的生物标志物组中。