[发明专利]用于诊断SARS-CoV-2的组合物、试剂盒以及通过使用所述试剂盒诊断SARS-CoV-2的方法

说明书

本发明涉及一种用于诊断某人是否已经感染新型冠状病毒(SARS‑CoV‑2：严重急性呼吸综合征冠状病毒2)的组合物、包含所述组合物的试剂盒以及通过使用所述试剂盒诊断某人是否已经感染所述新型冠状病毒的方法。具体地，本发明涉及一种用于诊断某人是否已经感染新型冠状病毒的组合物，所述组合物包含能够通过靶向最丰富地存在于被所述新型冠状病毒感染的细胞中的前导序列而特异性扩增的核酸寡聚体；包含所述组合物的试剂盒；以及通过使用所述试剂盒诊断某人是否已经感染所述新型冠状病毒的方法。

技术领域

本发明涉及一种用于诊断新型冠状病毒(SARS-CoV-2：严重急性呼吸综合征冠状病毒2)感染的组合物、包括所述组合物的试剂盒以及使用所述试剂盒诊断新型冠状病毒感染的方法。更具体地，本发明涉及一种用于诊断新型冠状病毒感染的组合物，所述组合物包括能够特异性扩增作为靶标以最大丰度存在于被新型冠状病毒感染的细胞中的前导序列的核酸寡聚体；包括所述组合物的试剂盒；以及使用所述试剂盒诊断新型冠状病毒感染的方法。

背景技术

冠状病毒是一种具有长约27-32kb的正义单链RNA基因组的病毒，并且会影响人和其他哺乳动物。已知冠状病毒通过复制和转录产生基因组RNA和6-8个在3'端具有共同mRNA的亚基因组RNA(Imbert I.等人；A second,non-canonical RNA-dependent RNApolymerase in SARS Coronavirus.The EMBO Journal.2006,25:4933-4942)。

冠状病毒感染在大多数人中表现出轻微的症状，但是具有高度传染性，并且在过去的20年中，已有10,000人或更多人感染SARS冠状病毒(严重急性呼吸综合征，病死率为10％)和MERS冠状病毒(中东呼吸综合征，病死率为37％)。

然而，最近发现的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)感染是一种急性呼吸综合征，表现出诸如发热、咳嗽、呼吸短促、非典型肺炎等症状。

一般来说，使用诸如SSP-PCR(单特异性引物聚合酶链式反应)、实时PCR、PCR-RFLP(PCR-限制性片段长度多态性分析)和测序的方法来分析病毒基因组。对于SARS-CoV-2感染的诊断，首先通过泛冠状病毒测试来检测冠状病毒，然后使用实时PCR和测序相结合的方法，这种方法的问题在于诊断感染需要24小时或更长时间。

最近，美国疾病控制和预防中心(CDC)和WHO开发并提供了RT实时PCR(逆转录实时PCR)测试以缩短测试时间(检测2019-新型冠状病毒的实时RT-PCR组套(Real-time RT-PCRPanel for detection 2019-Novel Coronavirus).疾病控制和预防中心,呼吸道病毒分支，病毒疾病部门)。美国疾病控制和预防中心开发的测试方法是一种扩增N基因的三个区域的方法，所述N基因编码SARS-CoV-2的核衣壳蛋白。WHO开发的方法是能够同时筛选和确认的一步实时PCR，用于筛选与现有SARS相关病毒具有高度序列同源性的E基因区域，并且可以扩增能够特异性检测SARS-CoV-2以便确认SARS-CoV-2感染的RdRP(RNA依赖性RNA聚合酶)基因(图1)。

然而，由于E基因和RdRP基因在病毒感染细胞中的丰度较低，因此可能存在由于实验误差或取决于样品的RNA稳定性而无法检测的情况。

另外，美国疾病控制和预防中心和WHO使用人RNase P基因作为内部对照基因来确定RNA样品适用性，并且公开了用于扩增RNase P cDNA的引物和探针序列。然而，本申请的发明人查明了所公开的引物和探针序列是靶向第一外显子内部的引物而未考虑RNA剪接，因此当应用于基因组DNA时可能发生假阳性扩增。当在测试点从样品中提取RNA时，基因组DNA通常不会被完全去除，因此在确定样品适用性时可能会出现错误。