[发明专利]一种人类SLC25A13基因检测试剂盒及应用

说明书

本发明公开了一种人类SLC25A13基因检测试剂盒及应用，包括c.851_854deL4、c.1638_1660dup、IVS6+5GA、IVS16ins3kb、IVS4ins6kb、IVS11+1GA、c.1399CT和c.1078CT等8个相关位点所涉及的引物组和探针组；其中在c.1638_1660dup位点的探针设计过程中采用了竞争性防滑动设计，使该位点的核酸组合2能够有效区分c.1638_1660dup位点的杂合子和纯合突变；本发明提供的试剂盒分型检测结果可靠，与直接测序一致率达到100％，结合高于传统测序方法灵敏度，且操作简单、快速，有利于大规模推广。

技术领域

本发明涉及基因分型检测技术领域，尤其涉及一种人类SLC25A13基因检测试剂盒及应用。

背景技术

希特林缺陷病(Citrin Deficiency,CD)是由SLC25A13双等位基因突变导致的常染色体隐性遗传病，而希特林缺陷导致的新生儿肝内胆汁淤积症(NeonataLIntrahepaticChoLestasis caused by Citrin Deficiency,NICCD)是目前最主要的儿科CD表型。

新生儿肝内胆汁淤积发病率约为1/2500-1/5000，是儿童最常见的肝病类型之一，在中国遗传代谢病高危患者中居第2位。据报道，中国人群中SLC24A13基因突变的携带率达到1/63，而南方人群的携带率高达1/48。以长江为界，南方人群的突变携带率明显高于北方人群，其中南方人群中以海南、广东、香港为高发人群。

患有Citrin缺陷症的新生儿无法代谢母乳中的很多成分，母乳喂养后出现的半乳糖血症对眼睛、大脑的毒性很大，还会出现严重的脂肪泄，必须停止母乳喂养，改喂特殊配方奶粉，否则可能会引起黄疸、肝硬化等重症。通过对NICCD患者进行早期的诊断，指导饮食的调整，可有效的防止病情恶化，降低治疗风险和死亡率。因此，在Citrin遗传缺陷病高发的地区开展新生儿疾病的筛查工作，普及Citrin缺陷病知识，对于疾病控制以及优生优育具有重要作用。

NICCD的症状具有暂时性和复杂性的特点，难以建立明确的临床诊断指标，目前国内外尚无公认的NICCD临床、生化诊断标准，SLC25A13基因突变分析被认为是确诊NICCD的可靠手段，疑似患者的两个SLC25A13等位基因均有致病性突变即可确诊本病。

目前国内外研究表明，传统的PCR-RFLP、LA-PCR DNA和Sanger测序等分析方法存在对样本要求高，技术设备较复杂，检测需要较长时间，费用较高，难于大规模开展。中国专利文献CN103421909A针对上述问题，采用荧光PCR进行SLC25A13基因相关位点突变检测，该专利的创新性是操作简便、成本低，缺点是结果判读容易产生假阴性和假阳性结果。中国专利文献CN108048553A采用了较传统的Sanger测序法进行SLC25A13基因相关位点突变检测，该类型方法的创新点是检测位点多，缺点是成本高。中国专利文献CN108753952A则在CN108048553A的基础上进行了升级，采用多重PCR-测序的方法，可以在一次PCR和测序过程中检测多个SLC25A13基因相关位点，降低了成本，但仍然存在操作复杂、耗时等问题。在Sanger测序基础上发展起来的二代测序也被应用于SLC25A13基因相关位点突变检测，如中国专利文献CN108913761A，创新点是能检测的位点数量更多，缺点仍然是操作复杂、耗时、仪器国产化程度低。中国专利文献CN111073959A采用荧光PCR熔解曲线法筛选Citrin缺乏症所涉及的几个基因突变取得了成功，该方案创新点在于克服了上述几个专利在成本、操作便利性上的缺陷，但提高了对样本质量的要求、且存在熔解曲线漂移的风险，同时该专利因检测位点较少，临床灵敏度和特异性稍低。

因此，有必要设计一种试剂盒，以实现操作便利、省时和可靠地检测相关位点的基因型，提高检测灵敏度和特异性。

发明内容

本发明的目的是为了提出一种人类SLC25A13基因检测试剂盒，以至少解决现有技术中存在的诸多缺陷之一。