[发明专利]直接RNA测序的多组学分析方法、系统、设备及存储介质

说明书

本申请实施例提供一种直接RNA测序的多组学分析方法、系统、设备及存储介质，涉及生物信息处理技术领域。该方法包括：获取直接RNA测序的测序数据；将测序数据与参考基因组比对，获得测序比对数据；根据测序比对数据进行全长转录本鉴定，获得全长转录本序列数据；基于全长转录本序列数据对测序数据进行转录本定量处理，获得转录本定量数据；根据甲基化修饰预测模型处理测序数据，获得甲基化修饰数据；根据新生mRNA预测模型处理全长转录本序列数据，获得新生mRNA数据；根据全长转录本序列数据、转录本定量数据、甲基化修饰数据和新生mRNA数据进行关联性分析，获得直接RNA测序多维度信息。该方法可以实现测序精度的技术效果。

技术领域

本申请涉及生物信息处理技术领域，具体而言，涉及一种直接RNA测序的多组学分析方法、系统、设备及存储介质。

背景技术

目前，第三代测序技术中，纳米孔测序技术能够直接对RNA分子测序，又称为直接RNA测序技术；由于直接RNA测序技术测序得到的测序结果包含RNA分子多个维度信息，但是目前没有一种能够挖掘该直接RNA测序结果的方法，因此实现对直接RNA测序结果的多维度信息获取具有重要的现实意义。

现有技术中，对于第三代测序技术的RNA分子数据分析过程中，主要存在以下几种技术：一是结合二代测序技术进行全长转录本定量分析，该分析一般采用第二代测序技术所得RNA序列结合三代测序技术测得RNA序列进行定量分析，缺点是在定量分析中还需要对样本进行一次第二代测序，对样品量要求多，价格昂贵；二是全长转录本鉴定分析，该分析采用定性方式只鉴定第三代测序结果中RNA分子的全长结构序列，缺点是不能够有效利用RNA直接测序的其他维度数据；三是RNA分子的甲基化修饰鉴定，该分析采用建立模型对RNA分子甲基化位点进行预测，缺点是预测准确性有待提高，且不能判定甲基化位点位于原始RNA分子的那个位子。国内外对直接RNA测序技术的分析方案较少，都只分析了RNA分子的一到两个维度信息，且第三代测序技术价格昂贵，并没有充分利用直接RNA测序结果。

发明内容

本申请实施例的目的在于提供一种直接RNA测序的多组学分析方法、系统、设备及存储介质，可以实现提高测序精度的技术效果。

第一方面，本申请实施例提供了一种直接RNA测序的多组学分析方法，包括：

获取直接RNA测序的测序数据；

将所述测序数据与参考基因组比对，获得测序比对数据；

根据所述测序比对数据进行全长转录本鉴定，获得全长转录本序列数据；

基于所述全长转录本序列数据对所述测序数据进行转录本定量处理，获得转录本定量数据；

根据甲基化修饰预测模型处理所述测序数据，获得甲基化修饰数据；

根据新生mRNA预测模型处理所述全长转录本序列数据，获得新生mRNA数据；

根据所述全长转录本序列数据、所述转录本定量数据、所述甲基化修饰数据和所述新生mRNA数据进行关联性分析，获得直接RNA测序多维度信息。

在上述实现过程中，该直接RNA测序的多组学分析方法通过对直接RNA测序的测序数据及测序比对数据进行处理，依次获得全长转录本序列数据、转录本定量数据、甲基化修饰数据和新生mRNA数据，能够对直接RNA测序的RNA序列进行多维度数据分析，一个测序数据分析4个维度信息，从而实现多组学的数据整合；因此，该直接RNA测序的多组学分析方法通过一次实验即可同时获得多套数据方案，减少了多次生物学实验带来的实验误差和批次效应，实现提高测序精度的技术效果。

进一步地，所述根据所述测序比对数据进行全长转录本鉴定，获得全长转录本序列数据的步骤，包括：

对所述测序比对数据进行矫正，获得校正后的测序比对数据；