[发明专利]一种基于SNP数据和MRI数据的分类方法及终端设备在审
申请号: | 202111583863.2 | 申请日: | 2021-12-22 |
公开(公告)号: | CN114267408A | 公开(公告)日: | 2022-04-01 |
发明(设计)人: | 雷柏英;李亚锋;杨鹏;汪天富 | 申请(专利权)人: | 深圳大学 |
主分类号: | G16B20/20 | 分类号: | G16B20/20 |
代理公司: | 深圳市君胜知识产权代理事务所(普通合伙) 44268 | 代理人: | 徐凯凯 |
地址: | 518060 广东*** | 国省代码: | 广东;44 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 基于 snp 数据 mri 分类 方法 终端设备 | ||
1.一种基于SNP数据和MRI数据的分类方法,其特征在于,包括步骤:
从AD数据库中获取AD患者的SNP数据和MRI数据;
对所述SNP数据进行预筛选,通过多头注意力机制从筛选出的SNP数据中提取到基因特征;
对所述MRI数据进行预筛选,采用软阈值法从筛选出的MRI数据中提取到图像特征;
将所述基因特征和图像特征输入到融合数据预测模型中,输出分类结果。
2.根据权利要求1所述基于SNP数据和MRI数据的分类方法,其特征在于,对所述SNP数据进行预筛选的步骤包括:
对每个AD患者和SNP数据进行检查,筛除缺失值大于2%的个体和SNP数据;
对SNP数据进行次等位基因频率检查,筛除次等位基因频率低于5%的SNP数据;
对SNP数据进行哈温平衡检验,筛除p值低于预定值的SNP数据;
控制SNP数据的杂合率偏差,清除SNP数据的亲缘样本,对SNP数据进行群体分层。
3.根据权利要求2所述基于SNP数据和MRI数据的分类方法,其特征在于,通过多头注意力机制从筛选出的SNP数据中提取到基因特征的步骤包括:
利用位置编码模块获得每个SNP在基因序列中的位置信息;
通过多头注意力机制注意到SNP序列的上下文信息,提取SNP序列特征;
通过过滤模块对提取到的SNP序列特征进行过滤,得到基因特征。
4.根据权利要求3所述基于SNP数据和MRI数据的分类方法,其特征在于,利用位置编码模块获得每个SNP在基因序列中的位置信息的步骤包括:
采用公式和获得每个SNP在基因序列中的位置信息,其中,pos为每个碱基信息在序列中的位置信息,dmodel表示字嵌入维度。
5.根据权利要求3所述基于SNP数据和MRI数据的分类方法,其特征在于,通过多头注意力机制注意到SNP序列的上下文信息,提取SNP序列特征的步骤中,多头注意力机制公式为:其中,Q是查询向量、K是键向量和V是值向量。
6.根据权利要求3所述基于SNP数据和MRI数据的分类方法,其特征在于,所述过滤模块由两个卷积层、两个批处理层、一个池化层和一个ReLU激活函数组成。
7.根据权利要求1所述基于SNP数据和MRI数据的分类方法,其特征在于,对所述MRI数据进行预筛选的步骤包括:
对MRI数据中的头部运动和几何变形进行校正;
使用图切法对MRI数据进行颅骨剥离;
将所述MRI数据注册到提供解剖标签坐标的脑图模板,将解剖区域分割为灰质、白质和脑脊液图像,将这些图像重新采样到1.5mm的各向同性分辨率;使用60毫米的全宽的半径最大高斯核在空间平滑这些图像的表面;
使用脑成像数据处理和分析的工具箱获得灰质组织,并通过AAL模板自动标记得到大脑区域的ROI。
8.根据权利要求7所述基于SNP数据和MRI数据的分类方法,其特征在于,采用软阈值法从筛选出的MRI数据中提取到图像特征的步骤包括:
通过公式将筛选的MRI数据朝着零的方向进行收缩,其中,x表示输入的MRI数据,y表示优化输出后的图像特征,τ表示阈值。
9.一种存储介质,其特征在于,所述存储介质存储有一个或者多个程序,所述一个或者多个程序可被一个或者多个处理器执行,以实现如权利要求1-8任意一项所述基于SNP数据和MRI数据的分类方法中的步骤。
10.一种终端设备,其特征在于,包括:处理器、存储器及通信总线;所述存储器上存储有可被所述处理器执行的计算机可读程序;
所述通信总线实现处理器和存储器之间的连接通信;
所述处理器执行所述计算机可读程序时实现如权利要求1-8任意一项所述基于SNP数据和MRI数据的分类方法中的步骤。
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