[发明专利]一种用于检测SARS-CoV-2 69:70del位点的方法

权利要求书

1.一种用于检测SARS-CoV-2 69:70del位点的CRISPR-Cas13a系统，为a1）或a2）：

a1）Cas13a蛋白和crRNA；

a2）Cas13a蛋白和所述crRNA形成的复合体；

所述crRNA包括用于与Cas13a蛋白结合的锚定序列和靶向SARS-CoV-2 69:70del位点靶点序列的向导序列；

所述SARS-CoV-2 69:70位点野生型的靶点序列位于SARS-CoV-2基因组第21753-21780位；所述SARS-CoV-2 69:70del位点的靶点序列位于SARS-CoV-2基因组第21753-21786位，并缺失tacatg 6个碱基；

所述SARS-CoV-2 69:70del位点的靶点序列如SEQ ID NO:1所示；所述SARS-CoV-2 69:70位点野生型的靶点序列如SEQ ID NO:2所示；

所述SARS-CoV-2 69:70del位点的crRNA序列如SEQ ID NO:3所示；所述SARS-CoV-269:70位点野生型的crRNA序列如SEQ ID NO:4所示。

2.根据权利要求1所述的CRISPR-Cas13a系统，其特征在于：所述Cas13a蛋白为LwCas13a蛋白。

3.一种用于检测SARS-CoV-2 69:70del位点的试剂盒，其包括权利要求1或2所述的用于检测SARS-CoV-2 69:70del位点的CRISPR-Cas13a系统。

4.根据权利要求3所述的试剂盒，其特征在于：所述试剂盒还包括用于特异性扩增SARS-CoV-2 69:70del位点的靶点序列的引物对；所述引物对由SEQ ID NO:7所示的单链DNA分子和SEQ ID NO:8所示的单链DNA分子组成。

5.如下任一应用：

B1）权利要求1或2所述的系统或权利要求3或4所述的试剂盒在制备检测或辅助检测SARS-CoV-2 69:70del位点的产品中的应用；

B2）权利要求1或2所述的系统或权利要求3或4所述的试剂盒在制备检测或辅助检测待测样本中是否含有SARS-CoV-2 69:70del位点的产品中的应用；

B3）权利要求1或2所述的系统或权利要求3或4所述的试剂盒在筛选或辅助筛选SARS-CoV-2 69:70del位点防治药物中的应用；

B4）权利要求1或2所述的系统或权利要求3或4所述的试剂盒在制备筛选或辅助筛选SARS-CoV-2 69:70del位点防治药物的产品中的应用。

6.一种检测或辅助检测SARS-CoV-2 69:70del位点的方法，包括如下步骤：

C1）以待测样本的核酸为模板，采用由SEQ ID NO:7所示的单链DNA分子和SEQ ID NO:8所示的单链DNA分子组成的引物对进行PCR扩增，得到PCR产物；

C2）配制CRISPR-Cas13a检测体系，之后进行荧光检测；所述CRISPR-Cas13a检测体系包括所述PCR产物、权利要求1或2中所述的Cas13a蛋白、权利要求1中所述的crRNA、NTP、T7RNA聚合酶；同时以水替代所述PCR产物作为阴性对照；

C3）检测所述CRISPR-Cas13a检测体系的荧光强度，根据荧光强度的大小判定所述待测样本中是否含有SARS-CoV-2 69:70del位点：若在同一检测时间内，待测样本检测体系的荧光强度值比阴性对照荧光强度值高3倍以上，则待测样本含有或候选含有SARS-CoV-2 69:70del位点，否则待测样本不含有或候选不含有SARS-CoV-2 69:70del位点；

所述方法用于非疾病的诊断与治疗。

7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于：所述步骤C3）中，所述检测的条件为：35-39℃，每1-3min读取一次荧光强度值，读取20次以上。