[发明专利]构建分子调控网络的可视化平台的方法及可视化平台

权利要求书

1.一种构建基于web的分子调控网络的交互式分析及可视化平台的方法，其特征在于，包括如下步骤：

对调控网络数据进行整合与标准化存取，得到节点集文件和边集文件并导入服务器端的数据库中；

在服务器端提取基因子网络的参数，以及生成web端响应和可视化需要的数据；

根据提取的数据，利用计算机语言，开发web端界面及事件响应程序；

开发web端和服务器端通信接口，用于传输参数；

完成可视化平台的搭建。

2.如权利要求1所述的构建基于web的分子调控网络的交互式分析及可视化平台的方法，其特征在于，所述调控网络预设有多种布局选项并可以任意提取感兴趣的子网络，可按多种布局算法自动计算其节点位置，布局算法包括random，grid，concentric，breadthfirst或cose。

3.如权利要求1所述的构建基于web的分子调控网络的交互式分析及可视化平台的方法，其特征在于，在服务器端提取数据的方法如下：

读取需要提取的子网络的参数，子网络的参数包括兴趣基因的id和子网络的名字；

根据子网络的参数，从数据库读取子网络的数据；

将子网络的数据存储为JSON文件格式以及TXT格式文件，用于web端构建网络图。

4.如权利要求1所述的构建基于web的分子调控网络的交互式分析及可视化平台的方法，其特征在于，开发web端界面及事件响应程序的方法如下：

利用html超文本标记语言定义网页的结构框架，然后利用CSS样式表语言渲染美化html部件的样式外观；

利用javascript语言实现页面定位与跳转，网络布局切换与网络相关数据下载，搜索框自动提示及子网络搜索；

子网络搜索的内部流程依次包括参数收集并存入变量，由php语言接收参数变量，依次检查每个参数是否符合要求，并生成清洗后的参数列表，以JSON格式传输给服务器上使用perl语言的程序；

要求包括：①基因名称使用HGNC gene symbol统一名称；②子网络类型属于C1-C7或者人类癌症基因图谱TCGA中的33种肿瘤类型；③缺失参数以默认值Null填补。

5.如权利要求1或4所述的构建基于web的分子调控网络的交互式分析及可视化平台的方法，其特征在于，开发web端和服务器端通信接口的方法如下：

将生成的JSON参数文件，传输到服务器端并调用perl程序，执行程序由php代码完成，服务器端apache服务将传回的php代码进行解读，完成由php代码定义的事件，并传输回浏览器进行解析并可视化。

6.如权利要求1所述的构建基于web的分子调控网络的交互式分析及可视化平台的方法，其特征在于，所述计算机语言采用html语言、css语言或javascript语言。

7.如权利要求4所述的构建基于web的分子调控网络的交互式分析及可视化平台的方法，其特征在于，所述网页的结构框架包括网页logo及标题，导航栏，调控网络图容器，网络图工具箱容器，网络图注释容器，网络图详细说明容器，及网络中的节点、边、调控轴详细参数容器，文档和联系方式。

8.一种构建基于web的分子调控网络的交互式分析及可视化平台，其特征在于，包括服务器端、web端和处理器，所述处理器执行权利要求1-7之一所述方法，控制服务器端与web端进行连接，完成可视化平台构建。