[发明专利]用于猪亲缘关系鉴定的SNP分子标记组合、应用及方法

说明书

本申请提供一种用于猪亲缘关系鉴定的SNP分子标记组合、应用及方法，SNP分子标记组合包括在猪的18条常染色体上的200个SNP标记，该SNP分子标记组合能够应用在杜洛克猪、长白猪和大白猪的亲缘关系鉴定中，鉴定方法包括制备上述200个SNP标记的液相芯片；利用待测猪基因组DNA构建高通量测序文库；将液相芯片与高通量测序文库混合，捕获猪DNA高通量测序文库中包含目标SNP位点的DNA片段并进行扩增和纯化，获得待测猪个体的基因分型，根据基因分型进行亲子鉴定推断。本发明提供了鉴定SNP位点信息的探针及试剂盒。本发明通过靶向捕获测序检测SNP多态性，经高深度测序，分型结果准确可靠，保证了亲子关系的精准性。

技术领域

本申请涉及分子遗传学技术领域，尤其涉及一种用于猪亲缘关系鉴定的SNP分子标记组合、应用及方法。

背景技术

系谱信息在育种中有着非常重要的作用，系谱错误会大大降低遗传评估的准确性，影响选中选配的效果，降低群体遗传进展，给企业带来巨大的经济影响。然而，在实际的生产中，系谱错误是难免的，它受多种因素的影响，比如配种记录、产仔记录、系谱录入及整理过程中的人为错误等等。目前针对猪亲缘关系鉴定的方法基本都是基于微卫星方法建立的，如专利CN102154280A中公开了一种猪微卫星标记的复合扩增的方法及其专用引物、专利CN106244717A中公开了12个常染色体STR基因座和1个性别决定基因gSTRAM在内的13个基因座的亲权鉴定的方法。

SNP是继RFLP和STR两种遗传标记之后的第三代分子标记，在生物基因组中分布最广泛，占所有已知多态性的90％以上，具有数量多、分布广、稳定性高等优点，而且由于SNP属于二态的遗传标记，更适合快速、规模化筛查。

目前尚无利用SNP标记进行杜、长、大商业化品种猪亲缘关系鉴定的报道。

发明内容

鉴于上述内容，第一方面，本申请提供了一种用于猪亲缘关系鉴定的SNP分子标记组合，其特征在于，包括：在猪的18条常染色体上的200个SNP标记，所述SNP标记的SNP位点信息如下：

编号1的SNP位点位于2号染色体上第9987664位；

编号2的SNP位点位于14号染色体上第418001位；

编号3的SNP位点位于15号染色体上第2977317位；

编号4的SNP位点位于7号染色体上第7738134位；

编号5的SNP位点位于10号染色体上第2775295位；

编号6的SNP位点位于3号染色体上第11913946位；

编号7的SNP位点位于9号染色体上第7629826位；

编号8的SNP位点位于4号染色体上第7720753位；

编号9的SNP位点位于16号染色体上第2857298位；

编号10的SNP位点位于8号染色体上第1653890位；

编号11的SNP位点位于5号染色体上第5646887位；

编号12的SNP位点位于6号染色体上第2308923位；

编号13的SNP位点位于17号染色体上第2842639位；

编号14的SNP位点位于12号染色体上第1779292位；

编号15的SNP位点位于11号染色体上第4655543位；

编号16的SNP位点位于13号染色体上第7406226位；

编号17的SNP位点位于18号染色体上第23529836位；