[发明专利]一个鉴定藏鸡特征血统的单倍型分子标记及其应用

说明书

本发明属于分子标记技术领域，公开了一个可鉴定藏鸡特征血统的单倍型分子标记及其应用。该单倍型标记为：GTCG，由位于12号染色体上的4个SNP标记所组成，通过该单倍型分子标记可准确将藏鸡和中国其他地方鸡区分开来，有效克服起源地及表型鉴定难以准确区分藏鸡与中国其他地方鸡的缺点，在藏鸡种质资源鉴定、遗传多样性分析上具有广阔的应用前景。

技术领域

本发明属于分子标记技术领域，具体涉及一个可鉴定藏鸡特征血统的单倍型分子标记及其应用。

背景技术

《中国畜禽遗传资源志.家禽志》中记载的藏鸡中心产区包括西藏自治区的多地区、县市，覆盖以农业为主的河谷生态区以及半农半牧的高山峡谷生态区，分布区域极为广阔。与此同时，《西藏畜禽品种遗传资源》中并没有收录单一的藏鸡条目，而是分为河谷藏鸡，樟木鸡和芒康鸡三个外貌特征各不同，评定标准纷杂不一的不同亚种/群。另一方面，随着对藏鸡蛋肉产品需求的增加，自20世纪60年代起，大量的外来品种(来航鸡、洛克鸡、芦花鸡等)被引入以改进其生产性能。但是早期无序引种，导致藏鸡血统混杂。截至2013年，仅山南地区纯种藏鸡占当地鸡类养殖比例从2000年的90％以上降低到40％^[1]。并且藏鸡的外貌特征也因杂交进一步弱化，其外貌性状纷杂。因此，作为地方鸡品种鉴定的常用指标--起源地和外貌特征均不能直接准确地鉴别藏鸡，亟需一个能准确鉴定藏鸡特征血统，评估其血统混杂程度的明确且统一鉴定标准。

单倍型分子标记，是指共存于单条染色体上的一系列遗传变异位点的组合。每一条染色体都有自己独特的单倍型。单倍型分子标记技术通过检测生物个体在基因组上产生的变异，从而对不同个体进行区分，是继起源地和外貌特征鉴定之后，发展的一种较为理想的遗传标记。该标记操作简便，鉴定结果客观公正、可靠性高，这对藏鸡特征血统鉴定具有十分重要的意义。

发明内容

本发明的目的在于提供一个用于快速、准确鉴定藏鸡特征血统的单倍型分子标记及其应用，可将藏鸡与中国其他地方鸡准确区分开，操作简单、重现性好、准确度高。

为了实现上述目的，本发明采用以下技术方案：

申请人收集了不同地理来源、表型各异的277只鸡：115只藏鸡，19只由藏鸡母本与来杭鸡父本杂交得到的拉萨白鸡，98只地方鸡和45只红色原鸡作为实验材料。利用生物信息学技术，分析鸡的全基因组信息，鉴定出藏鸡的特征遗传背景，进一步利用28只具有高特征遗传背景的藏鸡与红色原鸡进行比较基因组学分析，从中寻找藏鸡特征血统的单倍型，最终筛选出一个单倍型分子标记可准确鉴定藏鸡与中国其他地方鸡。

用于鉴定藏鸡特征血统的单倍型分子标记，由SNP1～4共4个位于12号染色体的SNP位点组成：

SNP1所在基因组位置为GGA12:4303104；

SNP2所在基因组位置为GGA12:4304108；

SNP3所在基因组位置为GGA12:4304987；

SNP4所在基因组位置为GGA12:4306025；

参考的基因组版本为Galgal6，上述SNP标记依次组成的单倍型为GTCG时，鉴定为藏鸡特征血统。

利用上述单倍型分子标记鉴定藏鸡特征血统的方法，包括以下步骤：

(1)提取待鉴定鸡种质资源的基因组DNA；

(2)确定12号染色体第4303104位、第4304108位、第4304987位、第4306025位的基因型，基于位置由小到大组合成一个单倍型；

(3)根据特异性单倍型鉴定藏鸡特征血统，如果单倍型为GTCG，则可鉴定为藏鸡特征血统。