[发明专利]基于颜色反卷积与自注意力模型的组织病理学图像分类方法在审
申请号: | 202111411631.9 | 申请日: | 2021-11-25 |
公开(公告)号: | CN114066874A | 公开(公告)日: | 2022-02-18 |
发明(设计)人: | 何柱;林铭炜;钟美荟;姚志强 | 申请(专利权)人: | 福建师范大学 |
主分类号: | G06T7/00 | 分类号: | G06T7/00;G06T7/90;G06K9/62;G06V10/764;G06V10/774;G06N3/04;G06N3/08 |
代理公司: | 福州君诚知识产权代理有限公司 35211 | 代理人: | 苏丽云 |
地址: | 350108 福建省福州*** | 国省代码: | 福建;35 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 基于 颜色 卷积 注意力 模型 组织 病理学 图像 分类 方法 | ||
1.基于颜色反卷积与自注意力模型的组织病理学图像分类方法,其特征在于:其包括采用离线图像颜色反卷积方法或在线图像颜色反卷积方法;
离线图像颜色反卷积方法步骤如下:
S100、获取经过苏木精-伊红染色的组织病理学图像数据集,所述数据集中的组织病理学图像为标准的RGB三通道彩色图像,其像素构成矩阵Ht;
S200、将矩阵Ht中像素值为0的像素点值置为1×10-7,之后对每个像素值进行标准化,构成新的矩阵Ht';
S300、将新的矩阵Ht'与颜色反卷积标准矩阵相乘,得到矩阵Dt,矩阵Dt即为像素矩阵Ht颜色反卷积后的矩阵;
S400、对矩阵Dt进行归一化,得到矩阵Dt',矩阵Dt'的所有元素都在区间[0,1]内;
S500、将矩阵Dt'中的每一个元素乘以255并保留整数,得到HED颜色空间图像;
S600、将HED颜色空间图像按一定的比例数量划分训练集、验证集、测试集,分别用于后续对模型进行训练、验证、评估,并对所有图像进行缩放;对训练集图像进行在线数据增强;
S700、对增强后的图像进行归一化以及标准化;
S800、使用在ImageNet数据集上预训练好的swin-transformer模型,将最后全连接层修改为单层MLP层,其中MLP层输出神经元个数为2,并将S700归一化后的训练集图像送入到模型中进行微调训练;
S900、训练过程中每隔固定的迭代次数使用验证集进行验证,选取迭代过程中在验证集上分类正确率最高的模型,之后使用测试集进行验证,从而得到最终的模型分类正确率。
在线图像颜色反卷积方法步骤如下:
T100、获取经过苏木精-伊红染色的标准的RGB三通道组织病理学图像数据集;
T200、将数据集中图像按一定的比例数量划分训练集、验证集、测试集,分别用于后续对模型进行训练、验证、评估,并对所有图像进行缩放,缩放成大小为w×w的图像,之后对训练集图像进行在线数据增强操作;
T300、对增强后的图像进行与步骤S400相同的归一化操作,以及与步骤S700相同的标准化操作;
T400、使用在ImageNet数据集上预训练好的swin-transformer自注意力模型,修改最后的全连接层,并在模型头部加入一个输入取反操作,即对每一个输入的数值x,都输出-x。之后再加入一层卷积层,记为conv1,其中卷积核大小为1×1,输入通道数与输出通道数都为3,不使用偏置参数,修改后的模型记为de-swt模型;
T500、使用在ImageNet数据集上预训练好的swin-transformer模型,将模型最后的全连接层改为单一的MLP层,MLP层输出神经元个数为2,并在模型头部加入一个输入取反操作,即对每一个输入的数值x,都输出-x,之后再加入一层卷积层,记为conv1,其中卷积核大小为1×1,输入通道数与输出通道数都为3,不使用偏置参数,修改后的模型记为de-swt模型;
T600、将颜色反卷积标准矩阵按列拆分成3个3×1的矩阵,将其加载到de-swt模型的conv1层的权重参数中;
T700、将步骤T300中标准化后的训练集输入到de-swt模型中,使用特定的学习率lr进行微调训练,为了防止de-swt模型在反向传播到conv1层时梯度消失,设置conv1层的学习率为p×lr,其中p为学习率放大倍数,利用p来增大模型在conv1层的学习率,使得conv1层的参数随着训练集的迭代而改变;
T800、在步骤T600的训练过程中,每隔一定的迭代次数间隔使用验证集数据对模型进行验证,选取在验证集上效果较优的模型,并提取模型conv1层的参数,按列组合为新的图像颜色反卷积矩阵,记为N;
T900、将颜色反卷积矩阵N的每一列数值加载到de-swt模型的conv1层参数中,并将在ImageNet数据集上预训练好的swin-transformer参数重新加载到de-swt模型其余相应的层中,将p设置为1,使得conv1层中的学习率重新设置为lr;
T1000、使用训练集对步骤T800得到的de-swt模型重新进行训练,每隔一定的迭代次数间隔使用验证集数据对模型进行验证,最终选取在验证集上正确率最高的模型,并用测试集测试模型分类结果,从而得到最终的模型分类正确率。
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