[发明专利]一种鉴定染色体臂杂合性缺失的方法和装置

权利要求书

1.一种鉴定染色体臂杂合性缺失的方法，其特征在于：包括以下步骤，

杂合位点集获取步骤，包括从肿瘤配对血细胞样本中获取胚系SNV突变位点，过滤筛选位点深度大于100×，且突变频率在0.2~0.8范围内的杂合位点集；

杂合位点分析步骤，包括结合配对肿瘤样本的比对结果文件和杂合位点集，获得配对肿瘤样本中杂合位点的突变支持数，将配对的血细胞样本的参考序列基因型、非参考序列基因型的序列个数分别记为N1和N2，将待测的肿瘤样本的参考序列基因型、非参考序列基因型的序列个数分别记为T1和T2；

杂合位点杂合性缺失判断步骤，包括获取位于染色体长臂和短臂上的杂合位点集，以及各杂合位点的突变支持数，即N1、N2、T1和T2，计算各杂合位点的Ratio值；根据染色体长臂和短臂上各杂合位点的Ratio值的平均值μ和方差σ，计算染色体臂上所有杂合位点的z_score值，如果杂合位点的z_score值大于z_score阈值，则该杂合位点有发生杂合性缺失，否则没有发生杂合性缺失；

染色体臂杂合性缺失判断步骤，包括统计染色体长臂和短臂上发生杂合性缺失的杂合位点的比例，根据所述比例判断待测肿瘤样本的染色体臂是否发生杂合性缺失；

所述杂合位点杂合性缺失判断步骤中，所述Ratio值采用公式一计算获得，

公式一

公式一中，N1和N2分别为配对的血细胞样本的参考序列基因型、非参考序列基因型的序列个数，T1和T2分别为待测的肿瘤样本的参考序列基因型、非参考序列基因型的序列个数；

z_score值采用公式二计算获得，

公式二 z_score值=（Ratio -μ）/σ

公式二中，μ为染色体臂上各杂合位点的Ratio值的平均值，σ为染色体臂上各杂合位点的Ratio值的方差；

z_score阈值为染色体臂上所有杂合位点的z_score值的平均值和3倍标准差的加和值。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：所述染色体臂杂合性缺失判断步骤中，染色体臂上发生杂合性缺失的杂合位点的比例大于0.8，则待测肿瘤样本的染色体臂有发生杂合性缺失；否则，待测肿瘤样本的染色体臂没有发生杂合性缺失。

3.根据权利要求1或2所述的方法，其特征在于：所述杂合位点集获取步骤，包括将待测肿瘤样本及其配对的血细胞样本的比对结果文件作为GATK软件的输入文件，利用GATK的HaplotyperCaller模块分析获得胚系SNV突变位点，筛选位点深度大于100×，且突变频率在0.2~0.8范围内的胚系突变作为杂合位点集。