[发明专利]用于检测癌症中的微卫星不稳定性和DNA碱基切除修复途径抑制的合成致死性的新标记

权利要求书

1.对包含存在于来自表3中所列基因的外显子中和/或5’UTR区或3’UTR区中的至少三个微卫星区域的生物标志系列进行基因型分型的寡核苷酸工具的用途，

用于制备测定肿瘤样品中MSI状态的试剂盒，包括测定指示MSI状态的插入/缺失在肿瘤DNA样品中的至少三个微卫星区域中的存在，

其中所述至少三个微卫星区域的每一个都是具有八(8)个单核苷酸碱基的最小长度和十二(12)个单核苷酸碱基的最大长度的单核苷酸重复，

其中肿瘤选自结直肠癌、子宫内膜癌、卵巢癌、胃癌、白血病和Lynch综合症的肿瘤。

2.如权利要求1所述的用途，其中所述至少三个微卫星区域的每一个都是具有九(9)个单核苷酸碱基的最小长度，和十一(11)个单核苷酸碱基的最大长度的单核苷酸重复。

3.如权利要求1或2所述的用途，其中所述寡核苷酸工具包含寡核苷酸探针或寡核苷酸引物，其对于所述存在于来自表3中所列基因的外显子和/或5’UTR或3’UTR区中的至少三个微卫星区域是特异性的。

4.如权利要求1-3任一项所述的用途，其中所述至少三个单核苷酸重复是选自如表3中所列的基因MYL1、DIDO1、UBE2Z、RYR3、TMEM65、BTBD7、KDM5A、ABAT4、PPM1A、UBA6、ZNF185、ARL10、GRIA2和TMC7。

5.如权利要求4所述的用途，其中所述至少三个单核苷酸重复是选自如表3中所列的基因MYL1、DIDO1、UBE2Z、RYR3、TMEM65、BTBD7、KDM5A、ABAT4、PPM1A、UBA6和ZNF185。

6.如权利要求1-5任一项所述的用途，其中所述至少三个微卫星区域是存在于来自表3中所列基因的5’UTR或3’UTR区中的区域。

7.如权利要求1-6任一项所述的用途，其中所述至少三个微卫星区域是至少八个微卫星区域。

8.如权利要求7所述的用途，其中所述至少八个微卫星区域是存在于来自表3中所列基因的外显子和/或5’UTR或3’UTR区中的56个微卫星区域的至少一半。

9.如权利要求1-8任一项所述的用途，进一步包含对存在于来自表2中所列MSH6基因的外显子中的微卫星区域进行基因型分型的寡核苷酸工具。

10.如权利要求1-9任一项所述的用途，进一步包含对存在于来自表1中所列SULF2基因的3’UTR区中的微卫星区域进行基因型分型的寡核苷酸工具。

11.如权利要求1-10任一项所述的用途，其中MSI状态被认为是MSI阳性的是至少2％的微卫星区域包含插入/缺失。

12.如权利要求11所述的用途，其中MSI状态可以进一步表征如下：如果微卫星区域的17％或更多包含插入/缺失，则该肿瘤为MSI-H，如果2％和17％之间的微卫星区域包含插入/缺失，则该肿瘤为MSI-L，如果不到2％的微卫星区域包含插入/缺失，则该肿瘤为微卫星稳定。

13.如权利要求1-12任一项所述的用途，其中通过单碱基对延伸技术、DNA杂交技术或熔解曲线分析来进行插入/缺失的存在的测定。

14.如权利要求13所述的用途，其中寡核苷酸工具选自等位基因特异性探针、等位基因特异性引物、可检测探针、和/或二级结构探针。

15.如权利要求1-14任一项所述的用途，其中肿瘤选自结直肠癌或子宫内膜癌。

16.如权利要求15所述的用途，其中肿瘤是子宫内膜癌。