[发明专利]植物转录因子互作影响的评估方法

权利要求书

1.植物转录因子互作影响的评估方法，其特征在于，包括以下步骤：

步骤1：选取化学调控剂，运用植物毒理学手段，对植物幼苗进行重金属短期胁迫；将植物幼苗分为试验组、对照组、空白组；

步骤2：计算各试验组根组织和叶片组织中参与胁迫反应的各类转录因子的基因表达变异系数；根据基因表达变异系数的阈值，筛选各试验组根组织和叶片组织中参与胁迫反应的各类转录因子中显著表达的基因；

步骤3：构建各试验组根组织和叶片组织中显著表达基因的网络互作图，并筛选出各试验组根组织和叶片组织的网络互作图中存在高度关联的显著促进表达的关键基因以及显著抑制表达的关键基因；

步骤4：根据各试验组根组织和叶片组织中筛选出的显著促进表达的关键基因个数以及显著抑制表达的关键基因的个数分别与试验组中参与胁迫反应的各类转录因子基因总数的比值，得到各试验组根组织和叶片组织中显著促进表达的关键基因的发生概率以及显著抑制表达的关键基因的发生概率；

步骤5：根据每个试验组根组织和叶片组织中任两种或两种以上显著表达的关键基因的发生概率的乘积，计算得到每个试验组根组织和叶片组织中显著表达的关键基因的互作概率；全部试验组根组织和叶片组织中显著表达的关键基因的互作概率构成化学调控下重金属短期胁迫植物幼苗的基因互作概率模型；

步骤6：基于化学调控下重金属短期胁迫植物幼苗的基因互作概率模型，根据关键基因的互作概率的高低，筛选出各试验组根组织和叶片组织的关键转录因子；根据各试验组根组织和叶片组织的关键转录因子，评估重金属胁迫下化学调控剂对植物转录因子的互作影响水平。

2.根据权利要求1所述的植物转录因子互作影响的评估方法，其特征在于，所述步骤1中，化学调控下经不同浓度重金属短期胁迫的植物幼苗为试验组，未经化学调控的重金属短期胁迫植物幼苗为对照组，未经重金属短期胁迫的植物幼苗为空白组。

3.根据权利要求1或2所述的植物转录因子互作影响的评估方法，其特征在于，所述步骤1中，所述化学调控剂为脯氨酸；所述重金属为铬。

4.根据权利要求1所述的植物转录因子互作影响的评估方法，其特征在于，所述步骤2中，所述各试验组根组织和叶片组织中参与胁迫反应的各类转录因子的基因表达变异系数的计算方法，包括以下步骤：

分别测定各试验组根组织和叶片组织中参与胁迫反应的各类转录因子基因的标准信号值；分别测定对照组根组织和叶片组织中参与胁迫反应的各类转录因子基因的标准信号值；测定空白组中相应各类转录因子基因的标准信号值；

分别计算各试验组根组织和叶片组织中参与胁迫反应的各类转录因子基因的标准信号值相对于空白组中相应各类转录因子基因的标准信号值的倍数变化FC₁、FC₁’；分别计算对照组根组织和叶片组织中参与胁迫反应的各类转录因子基因的标准信号值相对于空白组中相应各类转录因子基因的标准信号值的倍数变化FC₂、FC₂’；根据FC₁相对于FC₂变化的比例、FC₁’相对于FC₂’变化的比例分别计算得到各试验组根组织和叶片组织中参与胁迫反应的各类转录因子的基因表达变异系数GEVCs、GEVCs’。

5.根据权利要求4所述的植物转录因子互作影响的评估方法，其特征在于，所述基因表达变异系数的计算，如下式所示：

6.根据权利要求1所述的植物转录因子互作影响的评估方法，其特征在于，步骤2中，所述显著促进表达的基因的基因表达变异系数的阈值为25％，所述显著抑制表达的基因的基因表达变异系数的阈值为-25％。

7.根据权利要求1所述的植物转录因子互作影响的评估方法，其特征在于，所述步骤2中，所述显著表达的基因由显著促进表达的基因和显著抑制表达的基因组成。

8.根据权利要求1所述的植物转录因子互作影响的评估方法，其特征在于，所述步骤3中，基于STRING网络在线数据库，对各试验组根组织和叶片组织中筛选出的显著表达的基因进行分析，构建各试验组根组织和叶片组织中显著表达基因的网络互作图。