[发明专利]纳米孔RNA表征方法

权利要求书

1.一种表征目标RNA多核苷酸的方法，包括：

(a)提供(i)RNA多核苷酸，所述RNA多核苷酸被修饰以包含单链DNA多核苷酸，和(ii)解旋酶，其中所述单链DNA多核苷酸提供对于所述解旋酶的结合位点；

(b)将(a)中提供的所述RNA多核苷酸和解旋酶与跨膜孔接触，使得所述解旋酶控制所述RNA多核苷酸穿过所述跨膜孔的移动；

(c)随着所述RNA多核苷酸相对于所述跨膜孔移动，获取一个或多个测量值，其中所述一个或多个测量值代表所述RNA多核苷酸的一个或多个特征，并由此表征所述目标RNA多核苷酸。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述单链DNA多核苷酸包含DNA适配器。

3.根据权利要求1所述的方法，其中所述单链DNA多核苷酸包含前导序列。

4.根据权利要求1所述的方法，其中所述单链DNA多核苷酸包含优先地穿入所述跨膜孔的前导序列。

5.根据权利要求1所述的方法，其中所述单链DNA多核苷酸共价地附接至所述RNA多核苷酸。

6.根据权利要求1所述的方法，其中所述单链DNA多核苷酸连接到所述RNA多核苷酸。

7.根据权利要求1所述的方法，其中所述单链DNA多核苷酸杂交到所述RNA多核苷酸。

8.根据权利要求1所述的方法，其中所述一个或多个特征选自(i)所述RNA多核苷酸的长度，(ii)所述RNA多核苷酸的同一性，(iii)所述RNA多核苷酸的序列，(iv)所述RNA多核苷酸的二级结构和(v)所述RNA多核苷酸是否是修饰的。

9.根据权利要求1所述的方法，其中所述一个或多个测量值是电测量值和/或光测量值。

10.根据权利要求1所述的方法，其中步骤(c)包括随着所述RNA多核苷酸相对于所述跨膜孔移动，测量流过所述跨膜孔的电流，其中所述电流代表所述RNA多核苷酸的一个或多个特征，并由此表征所述RNA多核苷酸。

11.根据权利要求1所述的方法，其中所述RNA多核苷酸包括通过甲基化进行的修饰、通过氧化进行的修饰、通过损伤进行的修饰、用一个或多个蛋白进行的修饰，用碱基类似物进行的修饰，或用一个或多个标记物、标签或间隔器进行的修饰。

12.根据权利要求1所述的方法，其中所述RNA多核苷酸使用一个或多个锚耦合到所述跨膜孔。

13.根据权利要求1所述的方法，其中所述跨膜孔是蛋白孔或固态孔。

14.根据权利要求1所述的方法，其中所述跨膜孔是蛋白孔，所述蛋白孔衍生自溶血素、杀白细胞素，耻垢分枝杆菌孔蛋白A(MspA)、MspB、MspC、MspD、CsgG、胞溶素、外膜孔蛋白F(OmpF)、外膜孔蛋白G(OmpG)，外膜磷脂酶A、奈瑟球菌属自转运脂蛋白(NalP)或WZA。

15.一种表征RNA多核苷酸的方法，包括：

(a)提供(i)RNA多核苷酸，所述RNA多核苷酸被修饰以包含单链DNA多核苷酸，(ii)解旋酶，和(iii)一个或多个分子制动器，所述分子制动器衍生自解旋酶并被修饰使得所述分子制动器结合多核苷酸但不发挥解旋酶的功能；

(b)将(a)中提供的修饰的所述RNA多核苷酸和解旋酶与跨膜孔接触，使得所述解旋酶控制所述RNA多核苷酸穿过所述跨膜孔的移动。

(c)随着修饰的所述RNA多核苷酸相对于所述跨膜孔移动，获取一个或多个测量值，其中所述一个或多个测量值代表所述RNA多核苷酸的一个或多个特征，并由此表征所述RNA多核苷酸。