[发明专利]薄壳山核桃品种Creek的分子标记及其应用

说明书

本发明涉及分子标记技术领域，具体涉及薄壳山核桃品种Creek的分子标记及其应用。本发明的分子标记能够通过如SEQ ID NO.1‑2所示的引物对扩增得到。采用该分子标记可以鉴定薄壳山核桃品种Creek，具体包括：(1)提取待鉴定薄壳山核桃的DNA；(2)以DNA为模板，利用SEQ ID NO.1‑2所示引物进行PCR扩增；(3)根据PCR扩增结果判断待鉴定薄壳山核桃是否为薄壳山核桃品种Creek。当利用SEQ ID NO.1‑2所示引物进行PCR扩增后，产物在98bp和104bp处均有单一条带时，待鉴定薄壳山核桃为薄壳山核桃品种Creek。本发明的分子标记可有效鉴定薄壳山核桃品种Creek。

技术领域

本发明涉及分子标记技术领域，具体涉及薄壳山核桃品种Creek的分子标记及其应用。

背景技术

薄壳山核桃(Carya illinoinensis)，是胡桃科(Juglandaceae)山核桃属(Carya)的植物，是世界范围重要的干果和木本油料树种。该树种原产于美国南部和墨西哥北部，早期作为绿化树种引进，目前主要转为果用。薄壳山核桃又称碧根果，其坚果含油率高，其中不饱和脂肪酸占总脂肪含量的90％以上，同时含有丰富的酚类物质、矿质元素、氨基酸、维生素等，营养丰富、经济价值高。近年来总种植面积大。随着各地种植薄壳山核桃的热情高涨，对良种苗木的需求迅速增加，良种是确保果园能够优质丰产的基础，如何确保苗木品种的真实性成为亟待解决的问题。

薄壳山核桃品种‘Creek’，单果重7克左右，为雄蕊先熟型品种，由‘Mohawk’בStarking Hardy Giant’两个品种杂交而成。薄壳山核桃雌雄同株异花，雌雄花期不遇，需对不同品种进行配置才能充分授粉，实现优质丰产。不同品种之间也存在区域适应性和栽培管理的差异。而薄壳山核桃引种和繁育单位较多，过程中存在引种不规范，品种混杂，“一物多名”和“多物一名”等现象。苗期不同品种之间表型差异不明显，难以实现有效区分，如果种植的品种与目标不符，往往需要4到6年开花结实之后才能发现，为育种单位和种植户造成较大的人力、时间和经济上的损失。因此，在薄壳山核桃建园初期，确定品种的真实性就显得尤为重要。在生产实践中，通常依靠有经验的专家通过叶片、果实、花、树姿等表型特征实现品种的辨别，但是不同气候区域条件、不同生长发育阶段、不同栽培条件下表型性状具有较大差异，造成依赖经验的品种鉴别方法成功率不高。近年来，分子标记因能直接检测DNA水平的差异，不依赖于表型性状，稳定性强、可重复性好，已广泛应用于动植物的品种鉴定和亲缘关系研究。在薄壳山核桃方面，已有基于分子标记手段的亲缘关系研究，但存在品种覆盖度低、难以区分有血缘关系的品种、操作复杂等问题。

因此当前亟需建立一种准确率高、操作简便、鉴别结果稳定的薄壳山核桃品种鉴定方法。

发明内容

本发明的目的是提供一种简便的分子标记的方法，实现薄壳山核桃品种‘Creek’品种的鉴定。具体提供一种鉴定薄壳山核桃常用品种‘Creek’的特异SSR分子标记及其应用。

具体地，本发明提供如下技术方案：

第一方面，本发明提供一种薄壳山核桃品种Creek的分子标记，所述分子标记能够通过如SEQ ID NO.1-2所示的引物对扩增得到。

本发明使用生物信息学的方法，从薄壳山核桃全基因组序列中发掘超过14万个SSR位点，批量设计特异性引物超过6万对。进一步对这些引物进行筛选：1)SSR位点的类型为2～4个碱基重复；2)上下游引物的退火温度相差不超过1℃；3)引物中不包含未知碱基；4)目标产物在100bp～300bp。筛选并合成300对引物。