[发明专利]检测纯合缺失的方法和装置

权利要求书

1.一种检测纯合缺失的方法，其特征在于，所述方法包括：

S1，获取待测肿瘤样本和对照样本的测序数据，并分别与参考基因组序列比对得到的比对结果数据；

S2，利用所述比对结果数据，分别统计所述待测肿瘤样本和所述对照样本的原始测序深度，对所述原始测序深度进行归一化处理，分别得到所述待测肿瘤样本的和所述对照样本的归一化深度，相应记为DN和PoN；

S3，利用所述对照样本的归一化深度PoN建立所有捕获探针的正态分布模型；

S4，利用所述待测肿瘤样本的归一化深度DN，初步检测所述待测肿瘤样本中存在缺失的捕获探针区域；

S5，根据如下任意一种情况来判断存在缺失的所述捕获探针区域为纯合缺失：

1)缺失的所述捕获探针区域的实际深度DI小于等于深度阈值，其中，所述实际深度DI=样本深度×肿瘤纯度c，所述样本深度为所述待测肿瘤样本的原始测序深度或归一化深度；

2)缺失的所述捕获探针区域的DN不符合所述正态分布模型；

所述S2包括：

S21，按照如下原则统计捕获区域的所述原始测序深度：a) read1和read2的重叠区域只统计一次，b) 发生插入缺失的reads纳入统计；

S22，在样本内，以捕获探针区域为单位对所述原始测序深度进行第一次归一化处理，得到样本内归一化深度；

S23，在样本间，对同一捕获探针区域的样本内归一化深度进行第二次归一化处理，得到所述同一捕获探针区域的归一化深度；

S24，将所述待测肿瘤样本的和所述对照样本的归一化深度分别记为DN和PoN；

所述S4包括：

以单个捕获探针区域为单位，检测所述待测肿瘤样本的归一化深度DN是否满足DN所述待测肿瘤样本的归一化深度DN的均值- n*标准差，1.7≤n≤2.4，若是，判定所述捕获探针区域存在缺失；

所述S5中，所述肿瘤纯度c按照如下方法计算：

1）选取所述对照样本中0.15≤AF≤0.85的杂合SNP，从所述待测肿瘤样本中找出相应杂合SNP的突变频率；

2）以捕获探针区域为单位，从归一化处理后的测序数据中读取各杂合SNP的支持read数，对所述对照样本中各杂合SNP的AF进行矫正，得到矫正后的AF，其中，若双端测序的read1和read 2都支持同一杂合SNP，则只计算一次；

3）以捕获探针区域为单位，分别统计所述对照样本和所述待测肿瘤样本的各个所述捕获探针区域的平均的归一化深度，并进一步分别计算所述对照样本和所述待测肿瘤样本的同一所述捕获探针区域内所有SNP位点的归一化深度的方差，如果所述待测肿瘤样本的所述捕获探针区域内所有SNP位点的归一化深度的方差超出所述对照样本在同一所述捕获探针区域的方差波动范围，则标记为异常区域；

4）在所述异常区域中，将所述待测肿瘤样本的杂合SNP中相对于所述对照样本的杂合SNP位点中基因频率下降的等位基因记为CAF，若所述矫正后的AF≥0.5，则CAF=1-所述矫正后的AF；若所述矫正后的AF＜0.5，则CAF=所述矫正后的AF；

5）计算所述异常区域中，各所述捕获探针区域的log₂(DN/PoN)值，若所述捕获探针区域的log₂(DN/PoN)值＜0，则表明所述捕获探针区域发生了杂合性缺失，此时所述肿瘤纯度c= (1-2CAF) / (1-CAF)。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在进行所述第一次归一化处理之前，所述方法还包括：去除所述原始测序深度为0的捕获探针区域。

3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，

在所述第一次归一化处理和/或所述第二次归一化处理后，所述方法还包括将所述待测肿瘤样本中归一化后不满足所述正态分布模型的捕获探针区域作为备选分析区。

4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，

若缺失的所述捕获探针区域位于所述备选分析区中，则推断存在缺失的所述捕获探针区域为纯合缺失。

5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在计算各个所述捕获探针区域的平均的归一化深度时，如果相邻的捕获探针之间有重叠，则合并为一个捕获探针区域。