[发明专利]一种用于基因检测Panel临床诊断指标算法开发的方法

说明书

本发明公开了一种用于基因检测Panel临床诊断指标算法开发的方法。属于属于细胞基因检测领域，具体步骤：提供基因位点信息表，对测序数据进行过滤；对测序数据进行模拟，将传递的数据作为虚拟基因检测Panel数据；采用既有的指标分析算法进行分析测序数据；采用既有的指标分析算法进行分析Panel数据；整合分析结果并进行模型训练；评估各种计算模型的性能，选择最优方案。本发明基于公共数据库全基因组和全外显子测序数据，通过基因检测Panel中各基因的位点信息从测序数据中摘取这些位点数据构建成虚拟的基因检测Panel数据，并在该虚拟Panel检测数据上进行算法开发，从而提高基因检测Panel产品开发质量和效率。

技术领域

本发明属于细胞基因检测领域，涉及一种用于基因检测Panel临床诊断指标算法开发的方法；通过一种新型的数据分析模型，实现对基因(位点)检测Panel测序样本的临床诊断指标的开发和优化。具体来说，本发明基于多组学测序数据(包括但不限于全基因组测序、全外显子测序、全基因组甲基化测序、全转录组测序等)，通过模拟特定检测Panel下基因位点的分布模式、读段富集偏性等特征，帮助开发者构建数字化检测Panel。在此基础上，利用人工智能算法将检测Panel中计算得到的检测值与原有检测值做拟合分析，使得检测Panel拥有和多组学测序数据一致的检测性能。该发明能够极大降低检测Panel开发和测试成本。

背景技术

现有技术中，用于基因检测Panel临床诊断指标算法开发的方法主要采用的是通过大量采集样本，并对样本进行基因Panel检测产生大量数据来进行算法的开发，但这种方法需要耗费大量的金钱、时间和人力，且一旦基因Panel最开始的位点设计有误则可能会对产品开发带了极大的风险；并且由于目前的全基因组和全外显子等组学高通量测序成本较高，且覆盖了较多的与疾病无关的检测位点。因此，通常会自主设计一些基因检测Panel用于检测与疾病相关的一些重要基因的位点的突变状态，这样不但可以降低检测费用，同时也能够集中增加这些特定基因位点的测序深度，从而提高检测结果的灵敏度和准确度。然而，基于这些基因检测Panel产生的测序数据，在进行一些临床诊断指标分析的时候(如TMB，MSI等指标)，由于选择的基因组合的偏性等因素，会导致既有的指标计算方法得出的结果并不能完全反应样本真实状态；1、传统方法；目前，主要采用以下两种方法来构建和优化Panel：(1)、大批量采样从头构建Panel。具体步骤如下：a：采集大量样本(如100例、500例等)，分别对每一个样本进行特定组学测序(如全外显子测序等)及检测Panel测序；b：对两种测序方法利用类似的分析算法进行分析，得到关于某个指标的具体得分；c：将基于检测Panel得到的指标得分根据特定组学测序得到的指标得分进行拟合，以此得到一个可用于临床评估、诊断的标准得分；这类方法最大的缺点就是前期样本采集周期长、费用高、花费大量人力；且一旦基因Panel最开始的位点设计有误则可能会对产品开发带了极大的风险；(2)、基于公共数据对Panel预测算法进行优化；具体步骤如下：a：基于公共数据库采集相关组学测序数据，并根据Panel涉及的基因组区域，对采集的测序数据进行对应区域的抓取，以此模拟检测Panel的测序数据；步骤b和c与第一种方法的步骤b和c一致；这类方法虽然极大降低了Panel优化前期准备的成本；但是由于Panel本身技术的偏性，其实际捕获的区域，以及对不同区域的检测深度等会和现有公共数据库中的测序数据差异很大；因此，仅仅简单的抓取对应区域进行后续的模拟分析的效果有限，甚至会得到与实际检测分析过程中相反的结果；因此，该类方法使用的范围有限，难以进行大规模的推广；所以，亟待基于这些基因检测Panel数据开发新的指标分析算法；本发明主要针对基因检测Panel的临床诊断指标应用开发的场景。

发明内容

发明目的：本发明的目的是提供了一种用于基因检测Panel临床诊断指标算法开发的方法。

技术方案：本发明所述的一种用于基因检测Panel临床诊断指标算法开发的方法，包括构建虚拟基因检测Panel及针对虚拟基因检测Panel的数据进行临床指标分析算法开发的两个传递过程；

一、所述构建虚拟基因检测Panel的具体传递过程如下：