[发明专利]一种基于mSNP技术检测黄瓜种子纯度的混样检测方法

说明书

本发明涉及一种基于mSNP技术检测黄瓜种子纯度的混样检测方法，其利用引物对1F/R～21F/R进行，所述引物对1F/R～21F/R的基因序列见SEQ ID No.1～42；本发明采用mSNP技术，在扩增子不变的情况下，可以检测到更多的SNP变异；采用混样的方法进行检测，在减少扩增工作量的同时降低了测序成本，也加快了检测速度，可在一天时间内最多完成1440粒种子的检测。本方法是利用测序技术直接读取单核苷酸多态，通过程序直接进行纯度结果的判读，结果直观，可靠，避免受种子发育期、及结果判读时主观因素的影响。

技术领域

本发明属于种子纯度检测领域，具体涉及一种基于mSNP技术检测黄瓜种子纯度的混样检测方法。

背景技术

黄瓜是葫芦科黄瓜属一年生蔓生或攀缘草本植物，是世界性蔬菜作物之一，具有重要经济价值。在长期自然选择、驯化改良的过程中根据地理分布区域和生态学特征可以分为不同的生态类型：华北型、华南型、欧洲温室型、欧洲露地型、野生型等不同生态类型。我国黄瓜的种质资源虽然丰富，由于育种家对品种的长期定向改良，使得广泛推广的品种遗传基础日益狭窄。杂交种子与亲本在形态上相似度较高，种子易混淆，使种子纯度下降。而种子纯度是指某一品种一致性程度，是种子质量的一个核心指标，在种子出售之前都要进行纯度检测，达到国家制定的《农作物种子质量标准》。

种子纯度鉴定是一项技术性较强的工作，要求检测过程简便、数据科学、精度高。传统的种子纯度检测是田间种植鉴定法，耗时较长、易受环境条件影响而且对于黄瓜杂交种子与亲本形态上高度相似，很难进行区分。在黄瓜种子纯度鉴定工作中应用较多的是生化鉴定和分子标记鉴定。生化鉴定主要包括同工酶分析标记和蛋白质电泳技术。蛋白质电泳技术进行品种鉴定，因为蛋白质是基因表达的产物，不受环境影响；但是在亲缘关系较近的品种间，蛋白差异不明显，并且可用的蛋白质种类有限，限制了该技术的应用。同工酶具有器官和组织的特异性，谱带中出现的生物型(同一品种的不一致的酶带)对纯度鉴定造成困扰。分子标记鉴定是基因的直接反映，相对于前两种鉴定方法具有不受环境影响、多态性高、共显性、易于自动化操作等优点，在纯度鉴定方面有广阔的前景。不同的DNA分子标记技术又各有优势与不足，RFLP结果可靠但需要用到放射性同位素；AFLP重复性高、分辨率高，但操作较复杂、成本高；RAPD操作方便、标记丰富，但对实验条件要求较高、可重复性相对较差；SSR数量丰富、多态性好、共线性、遗传重复性高，但标记的开发需要对每个标记两端的单拷贝序列才能设计引物，致使开发成本较高。

发明内容

本发明的目的在于克服现有技术的缺陷，提供一种基于mSNP技术检测黄瓜种子纯度的混样检测方法，其高效、准确、成本低。

为了实现上述目的，本发明采取的技术方案如下：

技术方案一：

一种于mSNP技术的黄瓜种子纯度检测的引物组，其特征在于，其包括引物对1F/R、引物对2F/R、引物对3F/R、引物对4F/R、引物对5F/R、引物对6F/R、引物对7F/R、引物对8F/R、引物对9F/R、引物对10F/R、引物对11F/R、引物对12F/R、引物对13F/R、引物对14F/R、引物对15F/R、引物对16F/R、引物对17F/R、引物对18F/R、引物对19F/R、引物对20F/R、引物对21F/R；其中每条引物对均由正向引物和反应引物组成；

所述引物对1F/R中，F引物的序列SEQ ID No.1所示，R引物的序列如SEQ ID No.2所示；

所述引物对2F/R中，F引物的序列SEQ ID No.3所示，R引物的序列如SEQ ID No.4所示；

所述引物对3F/R中，F引物的序列SEQ ID No.5所示，R引物的序列如SEQ ID No.6所示；

所述引物对4F/R中，F引物的序列SEQ ID No.7所示，R引物的序列如SEQ ID No.8所示；