[发明专利]铁死亡模型构建方法与应用在审

专利信息
申请号: 202111101096.7 申请日: 2021-09-18
公开(公告)号: CN113782090A 公开(公告)日: 2021-12-10
发明(设计)人: 王芬;肖士郎;刘晓明;袁玲芝 申请(专利权)人: 中南大学湘雅三医院
主分类号: G16B20/20 分类号: G16B20/20;G16H50/30;G16H50/70
代理公司: 长沙轩荣专利代理有限公司 43235 代理人: 李崇章
地址: 410000 *** 国省代码: 湖南;43
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摘要:
搜索关键词: 死亡 模型 构建 方法 应用
【权利要求书】:

1.一种铁死亡模型构建方法,其特征在于,所述构建方法具体包括:

获取多个胃癌队列的基因表达芯片数据并进行预处理后进行合并,获得合并队列数据;并从所述合并队列数据中筛选出多个表达水平变化大的铁死亡调控分子;

根据筛选出来的铁死亡调控分子的表达量,采用共识聚类方法将胃癌队列分成3种胃癌亚型;

将胃癌队列中的胃癌亚型之间进行基因表达差异分析,获得差异表达基因;

采用单基因Cox回归分析从所述差异表达基因中筛选出生存预后相关差异基因数据库,所述生存预后相关差异基因数据库包括生存预后相关差异基因及其回归系数;

获取待分析患者的生存相关差异基因i,统计所述生存相关差异基因i的表达量Expi,并根据所述生存预后相关差异基因数据库中生存相关差异基因i对应的回归系数betai,构建铁死亡模型为:

铁死亡分数=∑ibetai*Expi

2.根据权利要求1所述的铁死亡模型构建方法,其特征在于,所述获取多个胃癌队列的基因表达芯片数据并进行预处理后进行合并步骤中的预处理具体包括:

将获取的多个胃癌队列基因表达芯片数据利用“affy”(R包)的背景调整及分数归一化进行数据标准化,并通过“sva”(R包)的“combat”算法去除队列之间的批次效应。

3.根据权利要求1所述的铁死亡模型构建方法,其特征在于,所述从所述合并队列数据中筛选出多个表达水平变化大的铁死亡调控分子步骤具体包括:

获取已报道的铁死亡调控分子,以绝对中位差≥1为界限,筛选出多个在合并队列数据中表达水平变化大的铁死亡调控分子。

4.权利要求1-3任意所述的铁死亡模型在预测生存预后中的应用。

5.权利要求1-3任意所述的铁死亡模型在预测胃癌患者药物敏感性及免疫治疗效果中的应用。

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