[发明专利]一种用于高通量测序核酸编码探针的设计及合成方法

权利要求书

1.核酸编码探针组，由m×n条核酸编码探针组成；所述m和n为大于等于2的整数；

每条所述核酸编码探针包括测序接头、样品标签序列、Read2序列、微坑编码序列、UMI序列和样本捕获序列；所述样品标签序列和所述微坑编码序列构成所述核酸编码探针的样本编码系统；

所述每条核酸编码探针的样本编码系统均不同；

所述核酸编码探针组中含有m种样品标签序列和n种微坑编码序列，使所述核酸编码探针组中样本编码序列有m×n种；所述m小于n；

所述每条核酸编码探针中所述微坑编码序列的长度大于所述样品标签序列；

所述n种微坑编码序列中的差异碱基数均大于2个。

2.根据权利要求1所述的核酸编码探针组，其特征在于：

所述样品标签序列由6个随机碱基组成，且每个样品标签序列均满足小于等于2个连续碱基重复；

所述微坑编码序列由10-20个随机碱基组成，且不同的微坑编码序列的差异碱基数大于2个，每个微坑编码序列满足小于等于2个连续碱基重复；

所述UMI序列由10个随机碱基组成；

所述样本捕获序列由Poly-T、V和N组成；其中所述V为除去T的任一其他3种随机碱基，所述N为随机碱基；

所述随机碱基为A、T、C或G。

3.根据权利要求1或2所述的核酸编码探针组，其特征在于：

在所述测序接头的上游还连接有space序列，所述space序列由5-10个T组成，且所述space序列的第一个碱基生物素修饰。

4.根据权利要求1-3中任一所述的核酸编码探针，其特征在于：

所述核酸编码探针从5'末端起依次由如下组分组成：所述space序列、所述测序接头、所述样品标签序列、所述Read2序列、所述微坑编码序列、所述UMI序列、所述Poly-T、所述V和所述N。

5.根据权利要求1-4中任一所述的核酸编码探针，其特征在于：

所述测序接头的核苷酸序列为序列表中序列1；

所述样品标签序列为CGTGAT、ACATCG、GCCTAA或TGGTCA；

所述Read2序列的核苷酸序列为序列表中序列2。

6.一种合成权利要求1-5中任一所述核酸编码探针的方法，包括如下步骤：

1)设计权利要求1-5中任一所述的核酸编码探针组中的核酸编码探针，且将每条所述核酸编码探针从Read2中任2个碱基处分开，靠近所述核酸编码探针5'端的序列命名为P1，剩余一段序列命名为P2；

2)分别合成每条所述核酸编码探针的P1、其对应的P2和linker；

所述P2的5'末端进行磷酸化修饰；

所述linker与所述核酸编码探针中的Read2反向互补；

3)将每条所述核酸编码探针的P1、及其对应的P2和所述linker在T4连接酶的作用下连接，得到连接产物，即为所述核酸编码探针。

7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于：在步骤3)中，连接体系中，所述P1的摩尔量大于所述P2的摩尔量；

或，在步骤3)中，连接体系中，所述P1的摩尔量大于P2的摩尔量。

8.根据权利要求6或7所述的方法，其特征在于：在步骤3)中，若所述P1的摩尔量小于所述P2的摩尔量时，所述方法还包括如下步骤：纯化所述连接产物。

9.权利要求1-5中任一所述探针或由权利要求6-8任一方法制备的探针在捕获目的片段中的应用；

或，权利要求1-5中任一所述探针或由权利要求6-8任一方法制备的探针在高通量测序中的应用；

或，权利要求1-5中任一所述探针或由权利要求6-8任一方法制备的探针在制备捕获目的片段产品中的应用；

或，权利要求1-5中任一所述探针或由权利要求6-8任一方法制备的探针在制备高通量测序产品中的应用。

10.一种合成权利要求1-5中任一所述探针的系统，包括权利要求6-8任一中的所述P1、所述P2、所述linker和所述T4连接酶。