[发明专利]一种柯乐猪的保种方法

权利要求书

1.一种柯乐猪的保种方法，其特征在于，以原位保种和异位保种相结合，采用微卫星标记技术分析群体内遗传多样性及保种效果的监测，或者利用SNP芯片分析技术对柯乐猪保种群进行各世代间的群体遗传结构和遗传多样性分析，为该品种资源的保护和利用提供分子水平上的科学依据。

2.根据权利要求1所述的柯乐猪的保种方法，其特征在于，所述原位保种包括小群体规模保种和多场联合保种，其中，

所述小群体规模保种包括以下步骤：

1)确定小群体规模

保种群在100～200头之间，公猪只有4～6个血统的群体，公母留种比例为1∶5，猪的每世代近交系数增量不超过0.5％～1.0％，留种方式采用各家系等量留种；

2)增加猪小群体内的遗传多样性

在同一猪品种内的不同类群间相互杂交或轮回杂交，或者引入部分母猪外血，用外血进行杂交，F1代再与本品种回交或再回交，根据性能决定引入外血的比例；选出优秀的公猪或母猪，再与群内其他猪杂交；

所述多场联合保种包括：设立多个保种点及扩繁场，建立保种选育核心群、保种扩繁群、生产基地三级良繁体系，对柯乐猪进行商品化选育，提高生产性能，保护柯乐猪种质资源，确保资源不丢失，并对柯乐猪种活体及其遗传材料进行质量检测，使柯乐猪达到品种标准。

3.根据权利要求1所述的柯乐猪的保种方法，其特征在于，所述异位保种方法为，对柯乐猪的精液、卵母细胞、体细胞及胚胎的进行冷冻保存，协同超数排卵、胚胎移植繁殖技术，充分发挥优良母猪的繁殖潜力,加快优良种畜的扩繁速度，采用体细胞核移植的方法克隆出大量与供体遗传信息一致的个体；根据不同组织细胞建立各自细胞系或细胞株进行低温长期保存，并建立DNA文库。

4.根据权利要求1所述的柯乐猪的保种方法，其特征在于，所述微卫星标记技术方法为，采用ISAG/FAO联合推荐的30对微卫星标记对柯乐猪保种群体的遗传多样性进行检测。

5.根据权利要求4所述的柯乐猪的保种方法，其特征在于，所述微卫星标记法具体包括以下步骤：

1)采集柯乐猪的耳组织，提取基因组DNA；

2)合成并扩增30对猪微卫星引物；

3)通过ONE-Dscan软件分析基因片段大小,采用PopGen32和Excel软件计算有效等位基因数(Ne)、期望杂合度(He)、观察杂合度(Ho)和PIC。

6.根据权利要求1所述的柯乐猪的保种方法，其特征在于，所述SNP芯片分析技术对柯乐猪保种群进行各世代间的群体遗传结构和遗传多样性分析的方法包括以下步骤：

1)采集柯乐猪的耳组织，提取基因组DNA；

2)对所述柯乐猪的DNA进行SNP芯片分型，筛除不合格的样本和SNP位点，只使用常染色体上的位点，得到质控数据；

3)对所述质控数据采用Plink(V1.90)软件进行分析；其中，分别计算柯乐猪保种群体的最小等位基因频率、期望杂合度、观察杂合度、多态信息含量和多态性标记比例，分析可乐猪保种群体的遗传多样性；

4)采用Plink(V1.90)软件分析连续性纯合片段(runs of homozygosity,ROH),计算基于ROH的近交系数；采用Plink(V1.90)和Gmatix(V2)软件分别构建状态同源(identity bystate,IBS)距离矩阵和G矩阵，并绘制热图，分析保种群体的亲缘关系；

5)去除所述质控数据中的强连锁位点，计算柯乐猪个体间的遗传距离，构建状态同源矩阵和种公猪的群体进化树。