[发明专利]与谷子抗咪唑乙烟酸除草剂基因紧密连锁的分子标记SV9和SV13及其应用

说明书

本发明属于农业生物技术领域，具体涉及与谷子抗咪唑乙烟酸除草剂基因紧密连锁的分子标记SV9和SV13及其应用。本发明的分子标记SV9的特异性引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.1、SEQ ID NO.2所示；所述分子标记SV13的特异性引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.3、SEQ ID NO.4所示。本发明在目标基因的上游和下游分别开发出了分子标记，且上下游分子标记离目标基因物理距离小于150kb，本发明的分子标记与目标基因连锁关系更稳定，且上下游标记结合使用，进行分子标记筛选更准确。

技术领域

本发明属于农业生物技术领域，具体涉及与谷子抗咪唑乙烟酸除草剂基因紧密连锁的分子标记SV9和SV13及其应用。

背景技术

谷子(拉丁名：Setaria italica)属禾本科的一种植物，古称稷、粟，亦称粱。在我国谷子是特色抗旱作物，种子萌发只需要占其重量26％的水分，而高粱、小麦和玉米的种子萌发分别需要其重量的40％、45％和48％的水分，同时谷子对低土壤肥力的耐力较高，但目前谷子种植面积不断缩减。谷子抗除草剂品种在生产上应用较少，谷子种植需要人工除草，这一直是阻碍谷子产业化发展的主要因素之一。

咪唑乙烟酸是一种重要的单子叶植物除草剂。咪唑乙烟酸是咪唑啉酮类除草剂的典型代表，是目前世界上最重要的除草剂品种之一，也是目前使用量最大的除草剂之一，广泛用于大豆和小麦等农作物的杂草控制。咪唑乙烟酸可以抑制乙酸乳酸合成酶(ALS)活性，以阻止支链氨基酸的生物合成，导致蛋白质的合成受到阻碍，从而使植物体生长停止，最终杀死生物个体。咪唑乙烟酸是广谱除草剂，能有效防除双色高粱、西风古、小觅、曼陀罗、稗草、黍、金狗尾、绿狗尾、筒麻、反枝苋和藜等杂草。

培育抗除草剂的谷子新品种是实现谷子规模化和机械化种植的重要基础。用分子标记进行基因定位和基因定向导入，是非常重要的育种手段。但分子标记的准确性、易用性对育种的成败至关重要。

专利“一种与谷子抗咪唑乙烟酸除草剂基因紧密连锁的分子标记SIsv0163及应用”(申请号201711293540.3)中分子标记SIsv0163定位在抗咪唑乙烟酸基因的下游，与目标基因的遗传距离约为2-3cM(物理距离＞4Mb)。由于分子标记与目标基因之间可能发生重组交换，分子标记与目标基因的遗传距离越越远，重组交换的概率越高，若分子标记与目标基因不再连锁，却仍用该分子标记进行检测，则检测中易出现假阳性结果。

发明内容

本发明的目的在于提供一种与谷子抗咪唑乙烟酸除草剂基因紧密连锁的分子标记SV9和SV13。

本发明的再一目的在于提供上述分子标记的应用。

本发明的再一目的在于提供鉴定谷子抗咪唑乙烟酸除草剂基因的方法。

根据本发明具体实施方式的与谷子抗咪唑乙烟酸除草剂基因紧密连锁的分子标记SV9和SV13，所述分子标记SV9的特异性引物的核苷酸序列如下：

SEQ ID NO.1:5'-CACCTGCGATGCTGTATT-3'；

SEQ ID NO.2:5'-CGCTTGATTTGGACTTTC-3'；

所述分子标记SV13的特异性引物的核苷酸序列如下：

SEQ ID NO.3:5'-GAAGTCCTATGGTGGAAGTAT-3'；

SEQ ID NO.4:5'-TTCAGCCCCTTGGAGA-3'。

本发明还提供与谷子抗咪唑乙烟酸除草剂基因紧密连锁的分子标记SV9和SV13的应用，尤其是在鉴定谷子抗咪唑乙烟酸除草剂基因方面的应用、以及培育谷子新品种方面的应用。

根据本发明具体实施方式的鉴定谷子抗咪唑乙烟酸除草剂基因的方法，所述方法包括使用上述分子标记SV9和SV13对谷子DNA进行PCR扩增的步骤。