[发明专利]用于辅助检测肺癌体细胞TP53基因突变的甲基化位点及其应用

说明书

本发明涉及一种用于辅助检测肺癌体细胞TP53基因突变的甲基化位点及其应用，包括chr5:5066252、chr8:143626019、chr5:8686178、chr14:22917809、chr20:34042058等在内的共110种DNA甲基化位点，并首次将其应用于肺癌体细胞突变辅助检测中，发现其能辅助检测肺癌体细胞样本中TP53基因突变，同时还能克服单个DNA甲基化信号低的问题，并提高检测的灵敏度和特异性。并且，基于对样本体细胞中这些DNA甲基化标记物的甲基化状态进行检测，还可以更全面分析肺癌发生、发展中的甲基化变化，从而为肺癌患者的临床靶向用药治疗等方面提供更为有效地辅助检测服务。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，特别是涉及用于辅助检测肺癌体细胞TP53基因突变的甲基 化位点及其应用。

背景技术

肺癌是发病率和死亡率增长最快，对人群健康和生命威胁最大的恶性肿瘤之一。近50年 来许多国家都报道肺癌的发病率和死亡率均明显增高，男性肺癌发病率和死亡率均占所有恶 性肿瘤的第一位，女性发病率占第二位，死亡率占第二位。目前肺癌特别是非小细胞肺癌已 证实与多种基因突变、融合和基因扩增有关。

TP53基因是一种重要的抑癌基因。在人类50％的肿瘤中都发现TP53基因有缺失或突变， 其与肿瘤的发生发展密切相关。TP53基因突变是包括肺癌在内的，许多肿瘤发生的重要原因 之一。基因突变主要包括点突变和等位基因的缺失。椐报道，在大约200多种不同的肿瘤中， 有50％的肿瘤带有TP53基因突变。已发现TP53基因中有4个位于外显子5-8的突变热点， 虽然不同组织器官发生的肿瘤中，TP53基因突变谱显示有差异，但约有90％的突变是集中 在这部分区域。他们分别编码132-143、174-179、236-248和272-281号氨基酸[Rodin SN,and RodinASJPotNAoS.Human lung cancer andp53:the interplay betweenmutagenesis and selection.2000；97(22):12244-9.]。

目前常规检测TP53基因突变的手段主要是WGS、WES、gene panel、RNA-seq等，通过寻找甲基化生物标记物来预测基因突变，并且通过多个DNA甲基化的甲基化状态可以克服单个DNA甲基化信号低的问题，可以提高检测的灵敏度和特异性。

其中，使用NGS检测癌症的体细胞突变通常涉及到对肿瘤DNA和来自同一患者的非恶 性(或正常)组织(通常是血液)的DNA进行测序。因此，以癌症为焦点的NGS实验在实验设计 上与孟德尔紊乱或正常人类变异的研究有很大不同。在癌症研究中需要从两个匹配样本中读 取的序列与一个参考人类基因组对齐，在测序过程中和对齐过程中很可能产生不可预知的错 误，同时一些基因中的突变也并不是影响某一癌症的决定性因素。Samtools，SOAPsnp，VarScan， SNVMix，GATK，VipR等这些工具在肿瘤和正常数据中进行比较，找出那些出现在肿瘤中 的变异，哪些不是正常的样本将被认为是体细胞突变，并为研究者提供一个候选名单，以跟踪功能影响和临床相关性。但是，这些简单的比对方法的准确度不高。因此从肿瘤基因数据 中识别该种疾病的体细胞突变仍然是一个亟待解决的技术难题。

发明内容

基于此，本发明的目的之一在于提出一种用于辅助检测肺癌体细胞TP53基因突变的甲基 化位点或其组合。

具体技术方案如下:

用于辅助检测肺癌体细胞TP53基因突变的甲基化位点或其组合，包括chr5:5066252、 chr8:143626019、chr5:8686178、chr14:22917809、chr20:34042058中的任意至少一种。

在其中一些实施例中，上述甲基化位点组合包括chr5:5066252、chr8:143626019、chr5:8686178、chr14:22917809、chr20:34042058。