[发明专利]一种拷贝数变异的检测方法、装置、存储介质及其应用

说明书

本申请涉及一种拷贝数变异的检测方法及其应用，具体涉及一种拷贝数状态分析方法，包含将参考样本分为两个或以上参考样本组，从参考样本组中确定与待测样本相似度高的所述参考样本组作为与待测样本最接近的参考样本组，以及基于所述与待测样本最接近的参考样本组的测序数据确定所述待测样本的目标基因的拷贝数状态。

技术领域

本申请涉及生物信息领域，具体的涉及一种拷贝数变异的检测方法及其应用。

背景技术

拷贝数变异(CNV)是人类基因组中常见的变异类型之一。拷贝数变异包括基因拷贝数的扩增和缺失两种变异类型。对于基因拷贝数变异的检测可以用于监测受试者的基因组状态的，也可以用于发现特定疾病与某些基因组变异的关联性关系。例如，基因发生拷贝数变异可能导致多种常见遗传病，如BRCA1/2基因缺失可能导致遗传性乳腺癌的风险；基因发生拷贝数变异可能影响肿瘤的发生和发展，如HER2基因扩增不仅与肿瘤的发生发展相关，还是一个重要的临床治疗监测及预后指标，并且是肿瘤靶向治疗的一个重要靶点。因此，拷贝数变异的检测可以在受试者的基因组状态监测、全基因组关联研究、遗传病的预防以及肿瘤的精准治疗起着至关重要的作用。例如，携带某些特定的拷贝数变异的受试者与普通人群相比，可以具有更高的患有疾病(例如肿瘤)的终生风险。因此，拷贝数变异检测方法可以用于筛选出具有较高风险的受试者，该受试者可以接受疾病的个体化监测，从而可以达到早诊早治的目的。

传统的拷贝数变异检测方法如ddPCR(微滴式数字PCR)、MLPA(多重连接探针扩增技术)、FISH(荧光原位杂交技术)等，一次只能检测一个或少数几个基因的拷贝数状态，或者只能检测特定基因的拷贝数状态，不能对基因组进行全局分析，具有通量低、成本高的特点。目前，基于高通量技术检测拷贝数变异的方法有很多，但是不同的检测方法结果存在着很大的差异，检测的敏感性和特异性具有一定的局限。一方面，高通量测序技术在建库及测序过程中存在着一定的批次效应和技术误差，另一方面，由于肿瘤样本的复杂性，导致拷贝数检测结果的稳定性存在很大的挑战，使得基于高通量测序技术检测拷贝数变异检测在精准医疗领域有很大的难度。本领域急需一种可以降低批次效应、误差和/或提高拷贝数检测结果稳定性的分析方法。

发明内容

本申请的目的就是针对上述现有技术不足，提供一种针对基因拷贝数异常检测的方法。该方法至少可以降低批次效应、误差和/或提高拷贝数检测结果稳定性，对检测拷贝数异常相关的驱动事件以及解读肿瘤基因组演化信息有着重要的意义。本申请提供了一种拷贝数变异的检测方法及其应用。

一方面，本申请提供了一种拷贝数状态分析方法，包含以下步骤：

(S1)获取待测样本的测序数据和/或多个参考样本的测序数据；

(S2)将所述参考样本分为两个或以上参考样本组；

(S3)确定与所述待测样本最接近的参考样本组；

(S4)基于所述与待测样本最接近的参考样本组的测序数据，确定所述待测样本的目标基因的拷贝数状态。

另一方面，本申请提供了一种拷贝数状态分析装置，包含以下模块：(M1)接收模块，用于获取待测样本的测序数据和/或多个参考样本的测序数据；(M2)处理模块，用于将所述参考样本分为两个或以上参考样本组；(M3)计算模块，用于确定与所述待测样本最接近的参考样本组；(M4)判断模块，用于基于所述与待测样本最接近的参考样本组的测序数据，确定所述待测样本的目标基因的拷贝数状态。

另一方面，本申请提供了一种数据库建立方法，包含：获取多个参考样本的测序数据，以及将所述参考样本分为两个或以上参考样本组。在一种实施方式中，数据库建立方法包含本申请所述拷贝数状态分析方法的步骤(S1)和步骤(S2)。

另一方面，本申请提供了一种数据库建立装置，包含以下模块：接收模块，用于获取待测样本的测序数据和/或多个参考样本的测序数据；处理模块，用于将所述参考样本分为两个或以上参考样本组。