[发明专利]一种制备双链RNA测序文库的方法

说明书

本发明公开一种制备双链RNA测序文库的方法，以及该方法在生物遗传分析中的应用；该方法包含1)随机打断：将待测双链RNA进行随机打断处理，得到双链RNA片段；2)任选地，末端修复：将步骤1)中得到的双链RNA片段进行末端修复，得到末端修复的双链RNA片段；3)连接接头：将步骤2)中的双链RNA片段与接头连接得到两端包含接头的双链RNA片段，所述接头包含；4)扩增及纯化：以步骤3)中两端包含接头的双链RNA片段为模板，扩增得到双链DNA产物并纯化，即为测序文库。本发明的文库构建方法简便快捷，更节省原料。

本申请为申请日为2020年05月22日，申请号为2020104423157，发明名称为一种制备双链RNA测序文库的方法的中国发明专利的分案申请。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，具体涉及一种双链RNA测序文库的构建方法。

背景技术

RNA病毒是病毒的一种，如：丙型肝炎病毒，乙型脑炎病毒，全部流感病毒等。通常RNA病毒的遗传物质(核糖核酸)是单链的(ssRNA,single-stranded RNA)，也有遗传物质是双链的(dsRNA,double-stranded RNA)。双链RNA病毒因其核酸为互补的双链RNA而得名。dsRNA病毒有两个特点：一是病毒基因组多为10-12个节段的双链RNA分子；二是病毒具有双层衣壳，没有包膜。病毒的双链RNA在病毒自身依赖RNA多聚酶作用下转录出mRNA，然后再翻译出早期蛋白或晚期蛋白。双链RNA在复制时，必须先以其原负链为模板复制出正链RNA，再由正链RNA复制出新的负链，构成子代RNA。双链RNA(dsRNA)病毒大部分属于呼肠病毒科。例如禽呼肠孤病毒(avian reovirus，ARV)，ARV属呼肠病毒科、正呼肠病毒属，基因组为线性双链RNA。

目前国内外很多品牌的试剂盒都可以实现单链RNA建库从而进行高通量测序，但是针对一些含有双链RNA的样本，市面上暂无实现方便快捷的双链RNA建库从而进行高通量测序的方案。Qi Zheng等(Genome-Wide Double-Stranded RNA Sequencing Reveals theFunctional Significance of Base-Paired RNAs in Arabidopsis，2010)公开了一种双链RNA测序文库的构建方法，该方法将双链RNA片段化后使RNA单链化，后在单链RNA的两端先后连接测序接头，之后通过逆转录反应得到DNA测序文库，该方法需要对RNA单链化处理后先后在3’端和5’分别加接头，步骤相对较多，建库耗时较长。

发明内容

本发明的目的是针对现有技术存在的不足，提供一种制备双链RNA测序文库的方法，本发明的方法相对于现有技术省去了RNA单链化和先后在3’端和5’端加接头的步骤，而是通过一步反应在片段化的双链RNA两端连接接头，更便捷高效。

在一个方面，本发明提供一种制备双链RNA测序文库的方法，包括下述步骤：

1)随机打断：将待测双链RNA进行随机打断处理，得到双链RNA片段；

2)任选地，将步骤1)中得到的双链RNA片段进行末端修复，得到末端修复的双链RNA片段；

3)连接接头：将步骤1)或2)中得到的双链RNA片段或末端修复的双链RNA片段与接头连接得到两端包含接头的双链RNA片段；

4)纯化步骤3)得到的两端包含接头的双链RNA片段；和

5)扩增：以步骤4)中两端包含接头的双链RNA片段为模板，扩增得到双链DNA产物；任选地，将所述双链DNA产物进行纯化得到所述双链RNA测序文库。

在一些实施方案中，所述方法步骤2)中采用逆转录酶对双链RNA片段进行末端修复。