[发明专利]一种儿童营养基因组检测试剂盒及应用

权利要求书

1.一种儿童营养基因组检测试剂盒，其特征在于：包括由表1所列的基因及位点的探针或引物、PCR扩增所需的试剂及其它耗材。

2.一种利用权利要求1儿童营养基因组检测剂盒测序的方法，其特征在于：是以表1所示的63个基因96个位点儿童营养代谢相关基因组的所有外显子区域和外显子与内含子连接区域为目标捕获区域，设计能够同时捕获所有目标序列区域的探针组合，定制液相芯片，并联合测序技术和信息分析技术，对所有捕获到的目标序列进行测序及不同类型的突变信息分析，以解读目标样本中各个基因位点的基因型，分析多态性和突变，并根据多态型分析标准，确定相应的表型，其测序方法具体如下：

S1、根据表1所列的基因及相关位点，确定各目标基因的目标捕获区域，定制液相芯片；

S2、提取样本DNA：使用DNA提取试剂盒从受检者血液中提取基因组DNA，用于后续建库实验；

S3、目标区域捕获的文库构建；

S4、文库质控：使用Qubit及电泳检测样品条带和降解情况，使用PAGE-Urea测量插入片段大小情况，用BMG测量文库的摩尔浓度，测量样品文库是否合格；

S5、上机测序：捕获文库质检合格后，按照CG测序平台操作说明进行上机测序，并保证每个文库的原始数据量达到0.6Gb以上，目标区域测序深度达到30×以上，目标区域覆盖度达到99％以上；

S6、测序数据过滤、比对、突变分析；

S7、突变数据解读，获得与营养代谢相关的基因的多态型或突变位点。

3.根据权利要求1所述的一种利用儿童营养基因组检测剂盒测序的方法，其特征在于：所述定制液相芯片是由罗氏公司生产的Nimblegen EZ芯片。

4.根据权利要求1所述的一种利用儿童营养基因组检测剂盒测序的方法，其特征在于：所述测序技术是采用Complete Genomics第二代高通量测序技术。

5.根据权利要求1所述的一种利用儿童营养基因组检测剂盒测序的方法，其特征在于：所述步骤S1中确定各目标基因的目标捕获区域，定制液相芯片具体如下：以63个相关基因96个位点所在的外显子区为目标区域，定制液相捕获芯片，获得的目标区域探针序列包含108条探针，每条探针序列的长度为121bp，序列前后各包含16bp和15bp的标签序列，前后两个标签序列的序列组成分别是GAAGCGAGGATCAACT和CATTGCGTGAACCGA。

6.根据权利要求5所述的一种利用儿童营养基因组检测剂盒测序的方法，其特征在于：所述定制液相捕获芯片具体由罗氏公司根据提供的目标捕获区域设计捕获探针，生产成Nimblegen EZ芯片，GAAGCGAGGATCAACT和CATTGCGTGAACCGA两个标签序列分别为酶切位点和转录位点，两端均是用来设计PCR引物的，同时转录位点用来做转录，起到转录为RNA探针的作用。

7.根据权利要求1所述的一种利用儿童营养基因组检测剂盒测序的方法，其特征在于：所述步骤S2中DNA提取试剂盒是为QIAGEN DNA Blood mini kit。

8.根据权利要求1所述的一种利用儿童营养基因组检测剂盒测序的方法，其特征在于：所述步骤S3中目标区域捕获的文库构建具体步骤如下：

A1、首先用超声波仪将基因组DNA随机打断成220-400bp小片段，对DNA进行纯化、末端修复、加A接头并用PCR进行扩增；

A2、然后通过碱基互补配对原理，使用液相捕获芯片上的捕获探针对与其配对的基因组目标区域的DNA进行杂交，捕获到目标区域的DNA，通过洗脱试剂将目标DNA从探针上洗脱下来，获得需要的目标DNA；

A3、其后再次进行PCR，对双链DNA进行环化，在A接头两端26bp处进行酶切，对切口进行末端修复，加上B接头；

A4、最后分离DNA双链成单链，对单链进行环化，即构建成目标区域捕获的文库。