[发明专利]检测染色体片段中的突变和倍性

权利要求书

1.一种检测肿瘤特异性突变的方法，其包含：

（a）进行全外显子组测序以从对象的肿瘤活检癌症样品中鉴定多个肿瘤特异性突变；

（b）设计用于扩增至少10个包含（a）中鉴定的所述肿瘤特异性突变的靶基因位点的PCR引物；

（c）使用（b）中设计的所述PCR引物进行多重扩增反应以从分离自所述对象的生物样品的无细胞DNA中扩增至少10个包含所述肿瘤特异性突变的靶基因位点，其中所述生物样品是血液、血清、血浆或尿液样品，其中所述靶基因位点在相同的反应体积中一起被扩增，以及

（d）进行高通量测序以确定扩增的靶基因位点的序列，从而检测所述生物样品中的所述肿瘤特异性突变。

2.根据权利要求1所述的方法，其中对每个靶基因位点的读取深度为至少50,000。

3.根据权利要求1所述的方法，其中所述方法进一步包含从所述对象的所述生物样品分离所述无细胞DNA。

4.根据权利要求1所述的方法，其中所述肿瘤特异性突变包含一个或多个单核苷酸变异（SNV）突变。

5.根据权利要求1所述的方法，其中所述肿瘤特异性突变包含一个或多个拷贝数变化（CNV）突变。

6.根据权利要求1所述的方法，其中所述肿瘤特异性突变包含一个或多个克隆SNV突变和/或一个或多个亚克隆SNV突变。

7.根据权利要求1所述的方法，其中步骤（a）进一步包含确定肿瘤活检样品的克隆异质性。

8.根据权利要求1所述的方法，其中步骤（c）包含来自所述无细胞DNA的10至50个靶基因位点的靶向多重PCR扩增。

9.根据权利要求1所述的方法，其中所述癌症是结肠直肠癌、肺癌、膀胱癌或乳腺癌。

10.根据权利要求1所述的方法，其中所述方法进一步包含在多个时间点重复测试从所述对象获得的生物样品以监测癌症的进展或癌症的缓解或复发。

11.一种确定一种或多种肿瘤特异性突变存在或不存在的方法，其包含：

（a）进行多重扩增反应以从分离自对象的第一生物样品的无细胞DNA中扩增至少10个靶基因位点，其中所述第一生物样品是血液、血清、血浆或尿液样品，其中所述靶基因位点在相同的反应体积中一起被扩增，其中，所述靶基因位点各自跨距先前通过肿瘤活检样品的全外显子组测序在所述对象的肿瘤活检样品中鉴定的肿瘤特异性突变；

（b）通过高通量测序确定扩增的靶基因位点的序列；以及

（c）基于测序结果确定一种或多种肿瘤特异性突变的存在或不存在，从而监测癌症的进展。

12.根据权利要求11所述的方法，其进一步包含：

（d）在随后的时间点对分离自从所述对象获得的第二生物样品的无细胞DNA重复步骤（a）至（c），其中第二生物样品是血液、血清、血浆或尿液样品。

13.根据权利要求11所述的方法，其中所述扩增的靶基因位点的序列通过高通量测序确定，并且其中对每个靶基因位点的读取深度为至少50,000。

14.根据权利要求11所述的方法，其中所述无细胞DNA包含循环的肿瘤DNA。

15.根据权利要求11所述的方法，其中所述肿瘤特异性突变包含一个或多个单核苷酸变异（SNV）突变。

16.根据权利要求11所述的方法，其中所述肿瘤特异性突变包含一个或多个拷贝数变化（CNV）突变。