[发明专利]一种肿瘤检测方法及应用

说明书

本申请涉及一种肿瘤检测方法及应用，具体涉及一种确认肝肿瘤的存在、评估肝肿瘤形成或形成风险和/或评估肝肿瘤的进展的方法，包含评估待测样本中标志物基因所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量。本申请还涉及用于评估DNA区域修饰状态的核酸、核酸组和/或试剂盒，及其制备方法。

技术领域

本申请涉及生物医学领域，具体的涉及一种肿瘤检测方法及应用。

背景技术

寻找更高效的肿瘤标志物一直是肿瘤相关研究中重要的一个方向，基于液体活检的血浆游离DNA检测技术对于肿瘤标志物的发现有了更高的需求。其基本原理为：肿瘤细胞死亡后，释放游离DNA进入血液，通过检测血液中的DNA突变、DNA甲基化、miRNA、组蛋白修饰等肿瘤细胞相关信息，可探测到极早期的肿瘤信号。已有研究发现DNA甲基化变化可能早于DNA突变的发生，是肿瘤早期筛查的更行之有效的检测标志物。

但目前早期癌症中，释放入血的肿瘤细胞极少，并且本领域急需寻找到更多的对于肝肿瘤有效的检测标志物。因此，亟需开发一种方法和/或试剂盒，通过检测准确、稳定、有效的肝癌生物标志物，且可以从生物样品中数量极为有限的细胞外游离DNA高效地读取到该表观遗传学信息，更优的，该方法应可以在医院检验科里很容易地配置并可靠地应用。

发明内容

一方面，本申请提供了一种确认肝肿瘤的存在、评估肝肿瘤形成或形成风险和/或评估肝肿瘤的进展的方法，包含确定待测样本中BCAT1基因所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量。

一方面，本申请提供了一种评估肝肿瘤相关DNA区域甲基化状态的方法，包含确定待测样本中BCAT1基因所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量。

在一种实施方式中，所述DNA区域来源于人chr12:24964295-25102393。

在一种实施方式中，所述方法还包含获取待测样本中的核酸。

在一种实施方式中，所述核酸包含无细胞游离核酸。

在一种实施方式中，所述待测样本包含组织、细胞和/或体液。

在一种实施方式中，所述待测样本包含血浆。

在一种实施方式中，所述方法还包含转化所述DNA区域或其片段。

在一种实施方式中，具有所述修饰状态的碱基以及不具有所述修饰状态的所述碱基，在转化后形成不同的物质。

在一种实施方式中，具有所述修饰状态的碱基在转化后基本不发生改变，且不具有所述修饰状态的所述碱基在转化后改变为与所述碱基不同的其它碱基、或在转化后被剪切。

在一种实施方式中，所述碱基包含胞嘧啶。

在一种实施方式中，所述修饰状态包含甲基化修饰。

在一种实施方式中，所述其它碱基包含尿嘧啶。

在一种实施方式中，所述转化包含通过脱氨基试剂和/或甲基化敏感限制酶转化。

在一种实施方式中，所述脱氨基试剂包含亚硫酸氢盐或其类似物。

在一种实施方式中，所述确定修饰状态的存在和/或含量的方法包含，确认具有所述修饰状态的碱基在所述转化后形成的物质的存在和/或含量。

在一种实施方式中，所述确定修饰状态的存在和/或含量的方法包含，确定具有所述修饰状态的DNA区域或其片段的存在和/或含量。

在一种实施方式中，通过所述荧光PCR方法检测的荧光Ct值确定具有所述修饰状态的DNA区域或其片段的存在和/或含量。