[发明专利]一种检测SARS-CoV-2与其D614G突变株的引物组合及其应用

说明书

本发明公开了一种检测SARS‑CoV‑2与其D614G突变株的引物组合及其应用。本发明公开的检测SARS‑CoV‑2与其D614G突变株的引物组合，由序列表中序列1‑15所示的15条单链DNA组成。利用本发明的引物组合检测新型冠状病毒的特异性强，灵敏度高，样本检出限为1‑10拷贝数/反应，与其他6种感染人的冠状病毒不发生交叉反应，可以显著减少假阴性结果。本发明的引物组合可用于大规模快速体外定性检测新型冠状病毒感染的肺炎疑似病例、疑似聚集性病例患者、其他需要进行新型冠状病毒感染诊断或鉴别诊断者的鼻咽拭子、痰液、肺泡灌洗液等样本中的新型冠状病毒基因，具有很好的应用前景。

技术领域

本发明涉及生物医学领域中，一种检测SARS-CoV-2与其D614G突变株的引物组合及其应用。

背景技术

冠状病毒(HCoV)主要引起呼吸道和胃肠道感染，基因上主要分为四个属：α冠状病毒、β冠状病毒、γ冠状病毒和δ冠状病毒。目前已经确定了六种感染人的冠状病毒包括α冠状病毒属的HCoV-NL63和HCoV-229E及β冠状病毒属的HCoV-OC43、HCoV-HKU1、严重急性呼吸综合征冠状病毒(SARS-CoV)和中东呼吸综合征冠状病毒(MERS-CoV)。2020年2月11日，世界卫生组织(WHO)将2019新型冠状病毒命名为COVID-19，国际病毒分类委员会(ICTV)将其命名为严重急性呼吸综合证冠状病毒2(SARS-Cov-2)。SARS-CoV-2是人类历史上确定的第七种可感染人的HCoV，其全基因组与SARS-CoV的序列同源性达76％，相较而言，与其它5种冠状病毒序列差异更大。

自2019年12月以来，新型冠状病毒SARS-CoV-2在世界各地迅速大面积蔓延，并逐渐出现变种，传染性强，危害严重。D614G突变是指SARS-CoV-2的S蛋白上的第614氨基酸位点D(天冬氨酸)突变为G(甘氨酸)。携带D614G突变的毒株早期占全球新冠病毒测序序列不到10％。经过4个多月的扩散传播，成为病毒传播的主要基因型。

疫情大面积爆发时，能够对感染者或携带者快速准确检测诊断对于疫情防控具有至关重要的作用及意义，能够对确诊病例感染的SARS-CoV-2进一步分型更有助于分析对比病理特征及追溯感染源。核酸检测是判定SARS-CoV-2的金标准。目前运用最多的检测方法是实时荧光RT-PCR法。目前检测SARS-CoV-2的PCR检测试剂盒在实际应用过程中出现了大量的假阴性和大量复阳的情况，且每日处理的样本能力有限，不利于临床快速准确大规模的进行病例筛查；对样本要求较高，临床上出院的标准要求进行三次核酸检测均为阴性；与其他感染人的冠状病毒序列相似，目的基因及特异性序列的选定没有参考其他冠状病毒序列进行特异性甄选，引物探针检测的灵敏度和准确性都有待提高；只能对病例进行确诊，不能对确诊病例所感染的SARS-CoV-2进行进一步分型。

因此，迫切需要一种特异性高、灵敏度高、高通量且操作相对简单的低成本的检测方法来对新型冠状病毒SARS-CoV-2检测鉴定与分型。

发明内容

本发明所要解决的技术问题是如何检测新型冠状病毒SARS-CoV-2，并进一步如何检测D614G突变株，D614G突变株为S基因中编码其第614位天冬氨酸的密码子由“GAT”突变为甘氨酸的密码子“GGT”的SARS-CoV-2。

为解决上述技术问题，本发明首先提供了一种引物组合(记为引物组合1)，所述引物组合1由名称分别为ORF1b-P、N1-P、N2-P、S-P和S(D614G)-P的引物对与名称分别为ORF1b-T、N1-T、N2-T、S-T和S(D614G)-T的MPE引物组成；

所述ORF1b-P由名称分别为ORF1b-F和ORF1b-R的单链DNA组成，所述ORF1b-F和所述ORF1b-R的序列分别为序列1和2；

所述N1-P由名称分别为N1-F和N1-R的单链DNA组成，所述N1-F和所述N1-R的序列分别为序列4和5；