[发明专利]基于多重PCR测序的黄瓜全基因组背景选择SNP标记系统及其应用

权利要求书

1.黄瓜全基因组背景选择SNP标记系统，其特征在于，所述SNP标记在黄瓜中的位点信息如下：

2.根据权利要求1所述的黄瓜全基因组背景选择SNP标记系统，其特征在于，所述SNP标记的参考基因组序列版本号为Cucumber(Chinese Long)v2。

3.用于检测权利要求1或2中所述SNP标记的上下游各150bp序列及引物序列。

4.权利要求1或2所述的黄瓜全基因背景选择SNP标记系统在黄瓜DNA指纹数据库构建、种质资源鉴定、亲缘关系分析、种子纯度检测及分子育种中的应用。

5.一种构建黄瓜DNA指纹数据库的方法，其特征在于，包括以下步骤：

(1)提取用于构建黄瓜DNA指纹数据库的所有黄瓜品种的基因组DNA；

(2)利用权利要求3所述的引物，基于多重PCR测序技术对每个所述黄瓜品种的基因组DNA进行所述518个SNP位点的检测，从而构建成黄瓜DNA指纹数据库。

6.一种黄瓜种质资源鉴定的方法，其特征在于，包括以下步骤：

(1)提取黄瓜标准品种和待鉴定品种的基因组DNA；

(2)利用权利要求3所述的引物，基于多重PCR测序技术对每个所述黄瓜品种的基因组DNA进行所述518个SNP位点的检测；

(3)如果待鉴定黄瓜品种标准品种的所述518个SNP位点基因型相同，则鉴定为同一黄瓜品种；反之，则鉴定为不同黄瓜品种。

7.一种黄瓜种质亲缘关系分析的方法，其特征在于，包括以下步骤：

(1)提取用于不同黄瓜品种的基因组DNA；

(2)利用权利要求3所述的引物，基于多重PCR测序技术对每个所述黄瓜品种的基因组DNA进行所述518个SNP位点的检测；

(3)根据(2)的基因型数据建立聚类树状图，分析不同黄瓜品种的亲缘关系。

8.一种黄瓜种子纯度检测的方法，其特征在于，包括以下步骤：

(1)提取同一批种子的基因组DNA；

(2)利用权利要求3所述的引物，基于多重PCR测序技术对所述每粒种子的基因组DNA进行所述518个SNP位点的检测；

(3)根据(2)的基因型数据计算每两粒种子间的SNP个数，从而计算种子的纯度。

9.一种黄瓜遗传初定位的方法，其特征在于，包括以下步骤：

(1)获的待检测黄瓜群体的表型数据并提取待检测黄瓜群体基因组DNA；

(2)利用权利要求3所述的引物，基于多重PCR测序技术对所述每粒种子的基因组DNA进行所述518个SNP位点的检测；

(3)根据(1)的表型数据和(2)的基因型数据进行QTL定位和全基因组关联分析，找到与性状连锁的SNP标记，实现遗传初定位。