[发明专利]一种NOTCH2NLC基因GGC重复序列的快速敏感检测方法及其应用

说明书

本发明涉及医学领域，具体涉及一种NOTCH2NLC基因GGC重复序列的快速敏感检测方法及其应用。首先公开了一种用于NOTCH2NLC基因GGC重复序列检测的引物组合物，包括：核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示的上游引物，核苷酸序列如SEQ ID NO：2所示的下游引物，核苷酸序列如SEQ ID NO：3所示的第三引物。本发明公开了一种新的用于检测高GGC重复数样本的引物组合物并优化了PCR检测程序，对于高GGC重复数样本的检测更为灵敏，同时能准确定量，更快速的完成检测，将PCR时间由10个小时缩短至2小时以内，有效地减少操作人员的工作量，降低检测成本。

技术领域

本发明涉及医学领域，具体涉及一种NOTCH2NLC基因GGC重复序列的快速敏感检测方法及其应用。

背景技术

神经元核内包涵体病(neuronal intranuclear inclusion disease，NIID)是一种十分罕见的疾病，早期病例报道常见于欧美人群，以儿童及少年多见，后发现亚裔成人更为常见。NIID的临床表现复杂多样，包括痴呆、共济失调、行为异常、震颤、癫痫等。2019年发现了NOTCH2NLC基因中5'UTR GGC异常重复扩增与NIID有关,随后相继发现其与阿尔茨海默病、额颞叶痴呆等多种神经退行性疾病有关^[1]。

目前，NIID的诊断主要包括经典的P62和UB染色阳性的嗜酸性核内包涵体以及NOTCH2NLC基因检测，诊断并不困难。基于PCR扩增NOTCH2NLC基因，毛细管电泳检测扩增片段比传统的琼脂糖凝胶电泳分辨率更高，但由于扩增片段CG比例太高，难度随着重复数次数的增加，通常大部分的PCR引物的设计，因为PCR反应体系未能调整至最佳条件，可能导致检测结果误判，同时PCR时间也要10个小时以上^[2]。因此，亟需发明一种新的NOTCH2NLC基因GGC重复序列的快速敏感检测方法。

参考文献：

1.Tian,Y.,et al.,Expansion of Human-Specific GGC Repeat in NeuronalIntranuclear Inclusion Disease-Related Disorders.Am J Hum Genet,2019.105(1):p.166-176.

2.Sone,J.,et al.,Long-read sequencing identifies GGC repeatexpansions in NOTCH2NLC associated with neuronal intranuclear inclusiondisease.Nat Genet,2019.51(8):p.1215-1221.

发明内容

本发明的目的在于公开了一种新的检测方法，该方法又称为三引物PCR法TripletRepeat Primed PCR(TP-PCR)。TP-PCR法有别于传统PCR扩增，其反应中加入3个引物。NOTCH2NLC基因的TP-PCR法在一般的PCR扩增基础下，新增了GGC序列引物，对于高GGC重复数样本的检测更为灵敏，同时能准确定量，更快速的完成检测，将PCR时间由10个小时缩短至2小时以内(1小时40分钟)，有效地减少操作人员的工作量，降低检测成本。

具体的，本发明的技术方案如下：

本发明公开了一种用于NOTCH2NLC基因GGC重复序列检测的引物组合物，其包括：核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示的上游引物，核苷酸序列如SEQ ID NO：2所示的下游引物，核苷酸序列如SEQ ID NO：3所示的第三引物。

本发明第二个方面公开了一种用于扩增NOTCH2NLC基因GGC重复序列的扩增反应体系，所述扩增反应体系包括上述的引物组合物。

本发明第三个方面公开了一种用于快速检测NOTCH2NLC基因GGC重复序列的试剂盒，所述试剂盒包括上述的引物组合物或上述的扩增反应体系。