[发明专利]一种用于鉴定金定鸭品种的SNP引物组合及鉴定方法

权利要求书

1.一种用于鉴定金定鸭品种的SNP引物组合，其特征在于，所述引物组合可以扩增选自如下JD1P位点到JD7P位点中的任意3到7种：

JD1P位于NC_040047.1染色体上第127643061位，该位点核苷酸碱基为T或C；

JD2P位于NC_040048.1染色体上第112028426位，该位点核苷酸碱基为A或G；

JD3P位于NC_040052.1染色体上第440691位，该位点核苷酸碱基T或C；

JD4P位于NC_040053.1染色体上第3779408位，该位点核苷酸碱基C或T；

JD5P位于NC_040054.1染色体上第18797161位，该位点核苷酸碱基为T或C；

JD6P位于NC_040056.1染色体上第8694111位，该位点核苷酸碱基为T或C；

JD7P位于NC_040060.1染色体上第11540267位，该位点核苷酸碱基为G或A。

2.根据权利要求1所述的一种用于鉴定金定鸭品种的SNP引物组合，其特征在于，各SNP位点引物的序列为：

JD1F：5’CAGTCTGGAAAGAGGAAATGTGA3’

JD1R：5’ATTATACCTTTCTTGGCATTTTTA3’

JD2F：5’CAAGGGGGGATATGAGGTT3’

JD2R：5’GCAAGGCAGTCAAGGGAGC3’

JD3F：5’CCTGAATGGTGCTTTGTTTAC3’

JD3R：5’GCCTTCTGCCACTGCTGCTA3’

JD4F：5’TTCTGTCCCTTTTGCTCTTTG3’

JD4R：5’GCTGTTCTTCGGCATTCTCTT3’

JD5F：5’AGCCTTACGCTCTGCTTACAT3’

JD5R：5’ACTTCGCTTTTTTCTTTCCAT3’

JD6F：5’CAGAGAAGTGACCGGAGAAGA3’

JD6R：5’GGCAAAGTGGAGGTATGAGAA3’

JD7F：5’AATCTTCCAAGGATGGGGTCAAT3’

JD7R：5’TGATGAAAGCCAGGAGCAGAACT3’。

3.权利要求1或2任一项所述SNP引物组合在金定鸭品种鉴定中的应用。

4.一种金定鸭品种的鉴定方法，其特征在于，包括以下步骤：

（1）提取待测鸭基因组总DNA;

（2）根据所选SNP组合，利用权利要求2对应的引物对分别进行PCR扩增；

（3）将PCR扩增产物测序后、判断基因型；

（4）根据基因型结果，判断个体是否属于金定鸭品种，如果所选SNP组合对应的基因型有一个不符合金定鸭对应的基因型，则判定该个体不属于金定鸭；如果所选SNP组合对应的基因型全部符合金定鸭对应的基因型，则根据贝叶斯定理判定该个体属于金定鸭的概率。

5.根据权利要求4所述的鉴定方法，其特征在于，所述步骤（1）中待测鸭的基因组DNA由该鸭种的个体翅静脉采血得到。

6.根据权利要求4所述的鉴定方法，其特征在于，所述金定鸭中7个SNP位点JD1P~JD7P的基因型依次为TT、AA、TT、CC、TT、TT、GG。

7.根据权利要求4所述的鉴定方法，其特征在于，所述贝叶斯定理计算公式如下：

其中，表示SNP组合中第个SNP中其他品种对应基因型的频率。

8.根据权利要求7所述的鉴定方法，其特征在于，所述SNP位点在金定鸭及其他品种中的基因型、基因型频率如下所示：

JD1P位点：当基因型为TT时，金定鸭的基因型频率为1，其他品种的基因型频率为0.2；当基因型为TC时，金定鸭的基因型频率为0，其他品种的基因型频率为0.4124；当基因型为CC时，金定鸭的基因型频率为0，其他品种的基因型频率为0.3876；

JD2P位点：当基因型为AA时，金定鸭的基因型频率为1，其他品种的基因型频率为0.1622；当基因型为AG时，金定鸭的基因型频率为0，其他品种的基因型频率为0.3083；当基因型为GG时，金定鸭的基因型频率为0，其他品种的基因型频率为0.5295；

JD3P位点：当基因型为TT时，金定鸭的基因型频率为1，其他品种的基因型频率为0.2067；当基因型为TC时，金定鸭的基因型频率为0，其他品种的基因型频率为0.3367；当基因型为CC时，金定鸭的基因型频率为0，其他品种的基因型频率为0.4567；

JD4P位点：当基因型为CC时，金定鸭的基因型频率为1，其他品种的基因型频率为0.26；当基因型为CT时，金定鸭的基因型频率为0，其他品种的基因型频率为0.38；当基因型为TT时，金定鸭的基因型频率为0，其他品种的基因型频率为0.36；

JD5P位点：当基因型为TT时，金定鸭的基因型频率为1，其他品种的基因型频率为0.14；当基因型为TC时，金定鸭的基因型频率为0，其他品种的基因型频率为0.5；当基因型为CC时，金定鸭的基因型频率为0，其他品种的基因型频率为0.36；

JD6P位点：当基因型为TT时，金定鸭的基因型频率为1，其他品种的基因型频率为0.2800；当基因型为TC时，金定鸭的基因型频率为0，其他品种的基因型频率为0.2978；当基因型为CC时，金定鸭的基因型频率为0，其他品种的基因型频率为0.4222；

JD7P位点：当基因型为GG时，金定鸭的基因型频率为1，其他品种的基因型频率为0.2711；当基因型为GA时，金定鸭的基因型频率为0，其他品种的基因型频率为0.2622；当基因型为AA时，金定鸭的基因型频率为0，其他品种的基因型频率为0.4667。