[发明专利]氯霉素的新型ykkD抗性基因及其应用

说明书

本发明涉及氯霉素的抗性基因及其应用，具体公开了氯霉素的新型抗性基因ykkD_like基因及其应用，其中ykkD_like基因序列如SEQ ID No.1所示。经序列相似度比对，没有在基因组上发现目前已知的抗性基因。本发明还公开了该基因的检测方法。本发明对了解氯霉素的耐药机制和补充耐药数据库提供了帮助，也为之后对抗氯霉素耐药提供了理论支持，为解决氯霉素耐药提供靶点，为对抗细菌耐药研究奠定基础。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，尤其涉及氯霉素的抗性基因及其应用。

背景技术

氯霉素类抗生素是从链霉菌中分离提取的广谱抗生素，对许多革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌等都具有良好的抑制作用。其作用机制主要是通过与核糖体的50S亚基结合，阻断转肽酰酶的作用，进而影响肽链的延伸，抑制蛋白质形成。

基于概率的隐马尔可夫模型(Hidden Markov Model，HMM)能从可观察的参数中确定该过程的隐含参数，在研究抗生素抗性基因(Antibiotic resistance genes,ARGs)领域中，常被用于补充基因注释以及基因预测，具有开发潜在新型基因的潜力。传统的基因注释常借助于序列相似度的阈值设置，但该方法限制了新型基因的发现，而且对ARGs的注释也有一定的局限性。国内外应用广泛的、基于HMM模型的数据库有Pfam,TIGERFAM,Resfam等，对全面分析和挖掘ARGs起到了至关重要的作用。

ARGs-OAP是一个在线ARGs分析平台，可实现宏基因组数据的ARGs快速注释和定量，其内含的数据库(Structured Antibiotic Resistance genes,SARG)整合了两大ARGs数据库，ARDB和CARD，并通过对ARGs序列的逐级分类注释，为全面分析ARGs奠定了坚实的基础。在SARG数据库基础上，该平台应用HMM模型构建的方法，建立了基于模型比对的数据库SARGfam，可用于开发潜在的新型抗性基因。

发明内容

针对上述背景技术，本发明目的是提供氯霉素的抗性基因及其应用。本发明是从一株Caballeronia(无对应中文名称)中发现了氯霉素的新型抗性基因ykkD_like基因，补充了氯霉素耐药的数据库，为深入研究细菌耐药打下了坚实基础。

为实现上述目的，本发明采取的技术方案为：

本发明第一方面是提供氯霉素的抗性基因，其基因序列如SEQ ID No.1所示，命名为ykkD_like基因。

本发明第二方面是提供ykkD_like基因表达抑制剂在制备降低受试者对氯霉素耐药性的产品中的应用。

本发明第三方面是检测SEQ ID No.1序列的试剂在制备检测氯霉素耐药性的试剂盒中的应用，进一步地，所述检测SEQ ID No.1序列的试剂为以PCR方法对SEQ ID No.1序列进行定性或定量检测构建的试剂。

本发明第四方面是提供ykkD_like基因作为靶基因在提高受试者对氯霉素敏感度方面的应用。

本发明第五方面是提供ykkD_like基因在制备评估氯霉素耐药性的药盒中的应用。

本发明第六方面是提供一种检测氯霉素耐药性的方法，进一步地，基于SEQ IDNo.1序列信息检测氯霉素耐药性，所述方法不以诊断为目的。

在本发明的技术方案中，所述氯霉素耐药性是指革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌对氯霉素的耐药性。

上述技术方案具有如下优点或者有益效果：

本发明提供氯霉素的的新型抗性基因ykkD_like基因及其应用，其中ykkD_like基因序列如SEQ ID No.1所示。经序列相似度比对，没有在基因组上发现目前已知的抗性基因。本发明对了解氯霉素的耐药机制和补充耐药数据库提供了帮助，也为之后对抗氯霉素耐药提供了理论支持，为解决氯霉素耐药提供靶点，为对抗细菌耐药研究奠定基础。