[发明专利]一种DNA图谱算法的改进试验方法有效
申请号: | 202110781328.1 | 申请日: | 2021-07-11 |
公开(公告)号: | CN113361141B | 公开(公告)日: | 2022-02-18 |
发明(设计)人: | 王亮;廖柯熹;何国玺;何腾蛟;廖德琛;叶男 | 申请(专利权)人: | 西南石油大学 |
主分类号: | G06F30/20 | 分类号: | G06F30/20;G06F119/02 |
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地址: | 610500 四*** | 国省代码: | 四川;51 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 dna 图谱 算法 改进 试验 方法 | ||
1.一种DNA图谱算法的改进实验方法,其特征在于,该算法用于求解SPDP实验DNA测序问题,已知SPDP实验片段数据,建立数学模型对SPDP实验数据进行处理,采用广义穷举法,加数据二倍法,数学模型建立后,设计MATLAB程序算法,求得结果以一定顺序展示DNA排列,在SPDP实验基础上,增加实验组数与实验搭配,改进SPDP实验,设计新的实验方法,在新实验数据的基础上,建立新的数学模型,同时设计MATLAB程序算法,实现结果输出,同时新的实验和算法求得的结果准确率高于SPDP算法,对于新的实验,建立对应求解算法,降低SPDP实验多解概率,对于含有n个限制性位点的DNA片段,SPDP可以求得n+1组数据,采用改进实验法,命名为二次实验法,在原n+1组数据基础上,再增加2n组数据,总共3n+1组数据,SPDP算法得到n组在一个限制性位点截断片段和1组所有限制性位点阶段片段,二次实验法在SPDP实验的基础上增加实验,其包括以下步骤:
将n组SPDP实验在一个限制性位点截断片段复制,原来有2n个小片段,重新复制后变为4n个小片段;
将新得到的2n个小片段分为n组,每组有2个片段,且任意一组2个片段加起来求和所得结果相同,且为DNA片段总长度;
将2n个片段继续分割,将每一个片段在所有限制性位点分割开,原来n组,每组2个片段,变成n组,每组n个片段,总片段数量为n2个;
将n2个片段分为2n组,每组片段个数不相等,最小为1个,最多为n个片段,并且把每一组片段长度从小到大依次排列。
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