[发明专利]一种基于突变特征的小细胞肺癌分子分型确定方法及应用

权利要求书

1.一种小细胞肺癌基因改变分子分型在制备治疗小细胞肺癌药物中的用途。

2.如权利要求1所述的用途，其特征在于，所述小细胞肺癌基因改变分子分型包括：

Cluster 1，富集Signature 4:吸烟相关基因特征；

Cluster2，富集Signature 6:DNA错配修复相关基因特征；

Cluster 3，富集Signature 5:不明相关基因特征。

3.一种试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包含权利要求1-2任意一项所述用途中的小细胞肺癌基因改变分子分型。

4.一种基于突变特征的小细胞肺癌分子分型确定方法，其特征在于，所述基于突变特征的小细胞肺癌分子分型确定方法包括：

通过分析小细胞肺癌的基因改变特征，对基因组进行signature相关分析，并进行无监督聚类，确定小细胞肺癌分子的分型。

5.如权利要求4所述基于突变特征的小细胞肺癌分子分型确定方法，其特征在于，所述基于突变特征的小细胞肺癌分子分型确定方法包括以下步骤：

步骤一，进行DNA文库构建及全外显子组测序；并进行序列比对与变异检测；

步骤二，采用增强标记聚合物系统进行免疫组织化学染色；分析小细胞肺癌的基因改变特征，对基因组进行signature相关分析，并进行无监督聚类，确定小细胞肺癌分子的分型结果。

6.如权利要求5所述基于突变特征的小细胞肺癌分子分型确定方法，其特征在于，步骤一中，所述进行DNA文库构建及全外显子组测序包括：

用酶法将基因组DNA酶切成200bp大小的片段；在端部修复和A拖尾后，在两端均增加T形接头；通过连接介导的PCR扩增纯化的DNA，使用NovaSeq6000系统对成对端多路样品进行测序；使用96RXN xGen Exome ResearchPanelv1.0生成测序文库；

所述测序包括：测序深度为每个组织样本200×，每个对照100×。

7.如权利要求5所述基于突变特征的小细胞肺癌分子分型确定方法，其特征在于，步骤一中，所述序列比对与变异检测包括：

(1)将原始数据进行FASTP预处理，得到适配子序列，用Burrow-Wheeler aligner将Fast Q格式的清洁读数与参考人类基因组hg19/GRCh37进行比对；利用SAM工具和Picard对映射的BAM文件进行排序并处理PCR副本；

(2)利用GATK生成最终的BAM文件，用MuTect检测体细胞单核苷酸变异，用GATK体细胞Indel检测器检测体细胞小插入和缺失；利用ANNOVAR进行基于多个数据库的变体注释；

(3)对保留的非同义SNV用变异等位基因频率即截止≥为3％或VAF截止≥为1％从疾病数据库中筛选得到的癌症热点进行进一步分析；

(4)计算肿瘤突变负荷，计算每个编码区的非同义SNV数和内含变异数；通过结合MutsigCV和dNdScv两种方法识别重要的驱动基因；

(5)利用癌症重要靶点基因组识别2.0识别拷贝数变异。

8.如权利要求7所述基于突变特征的小细胞肺癌分子分型确定方法，其特征在于所述多个数据库包括变体描述、群体频率数据库、变体功能预测数据库以及表型或疾病数据库；

所述利用癌症重要靶点基因组识别2.0识别拷贝数变异包括：在染色体臂水平，用FDR基于截断值10％的标准筛选有意义的扩增或缺失进行进一步分析；在病灶水平，用FDR基于截断值5％的标准和G-Score基于截断值0.3的标准筛选显著扩增，用FDR(基于截断值5％的标准和G-Score基于截断值-0.2的标准筛选显著缺失进行进一步分析。