[发明专利]一种四环素新型tet34抗性基因及其应用

权利要求书

1.一种四环素新型tet34抗性基因，其特征在于，其核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示。

2.一种发现四环素新型tet34抗性基因的方法，其特征在于，包括以下步骤：

(1)菌株的收集；

(2)基因组DNA提取；

(3)基因组的测序；

(4)基因组的组装；

(5)基因组的开放阅读框预测；

(6)将预测的开放阅读框与数据库的比对。

3.根据权利要求2所述的发现四环素新型tet34抗性基因的方法，其特征在于，所述菌株为具有四环素抗性的抗性菌株Escherichia coli TET。

4.根据权利要求2所述的发现四环素新型tet34抗性基因的方法，其特征在于，步骤(1)中所述菌株菌体的收集为：将过夜培养的菌液通过6000-8000rpm，4℃离心5-10分钟，弃上清后收集沉淀。

5.根据权利要求2所述的发现四环素新型tet34抗性基因的方法，其特征在于，步骤(3)中所述基因组测序采用的平台为Nanopore PromethION和Illumina NovaSeq 6000。

6.根据权利要求5所述的发现四环素新型tet34抗性基因的方法，其特征在于，步骤(4)中所述基因组的组装为通过采用Unicycler软件对样品质控后的测序数据进行混合组装，获得菌株的完整基因组数据；

优选地，所述Unicycler软件的具体参数如下：unicycler-1TET_1.fq-2TET_2.fq-lTET.nano.fq-o TET-t 46--mode normal–min_polish_size 2000；其中TET_1.fq和TET_2.fq为Illlumina测序的双端数据，TET.nano.fq为Nanopore测序数据。

7.根据权利要求6所述的发现四环素新型tet34抗性基因的方法，其特征在于，步骤(5)中所述基因组的开放阅读框预测为经过prodigal软件对获得的完整基因组数据进行开放阅读框(Open Reading Frame,ORF)预测；

优选地，所述prodigal软件的具体参数如下：prodigal-i TET.fa-m-o TET_temp.txt-a TET_ORF.aa-d TET_ORF.fa；其中TET.fa为unicycler混合组装获得的基因组，TET_ORF.aa和TET_ORF.fa分别为预测得到的ORF的氨基酸和核酸序列。

8.根据权利要求7所述的发现四环素新型tet34抗性基因的方法，其特征在于，步骤(6)中所述将预测的开放阅读框与数据库的比对包括使用DIAMOND软件将预测得到的ORF与SARG数据库进行比对，提取比对结果；采用HMMER软件将比对相似性较低的ORF与SARGfam数据库进行比对，得到基于模型比对的ORF注释结果。

9.根据权利要求8所述的发现四环素新型tet34抗性基因的方法，其特征在于，所述DIAMOND软件的具体参数如下：diamond blastp--query TET_ORF.aa--dbSARG.2.2.fasta--threads 46--outfmt 5--evalue 1e-5--max-target-seqs 1--outTET_SARG_blastp_out--query-cover 70；其中TET_ORF.aa为预测得到的ORF的氨基酸序列，SARG.2.2.fasta为抗性基因数据库；

优选的，所述的HMMER软件的具体参数如下：hmmscan--tblout hmm_out.txt--cut_gaSARGfam.hmm TET_ORF.aa；SARGfam.hmm为SARGfam数据库，TET_ORF.aa为预测得到的ORF的氨基酸序列，hmm_out.txt为结果输出文件。

10.一种四环素新型tet34抗性基因的应用，其特征在于，用于补充四环素抗性基因的数据库。