[发明专利]基于sanger测序的SMA检测方法

说明书

本发明涉及基因测序技术领域，具体涉及基于sanger测序的SMA检测方法，包括如下步骤，a、取待检测样本DNA，明确其SMN1基因第7号外显子第480号碱基染色体位；b、获取待检测样本DNA的SMN1基因第480号碱基位置前后的核苷酸序列；c、利用Primer Premier 5软件，针对步骤b中获得的核苷酸序列设计sanger引物组；d、对待检测样本DNA进行PCR扩增；e、对d的产物进行sanger测序，得到待检测样本DNA的SMN1基因第7号外显子第480号碱基C/T比值范围区间；f、将步骤e中的测序结果进行比对，以确定待检测样本是否为SMA携带者。本发明提供一种操作流程简便、检测成本低廉、无需凑样、检测周期短、检测结果准确度高。

技术领域

本发明涉及基因测序技术领域，特别是涉及基于sanger测序的SMA检测方法。

背景技术

脊髓性肌萎缩症（Spinal muscular atrophy，SMA）又称为“进行性脊肌萎缩症”，是常染色体隐性遗传的神经肌肉疾病，特征为脊髓前角细胞变性，导致对称性肌无力和萎缩。该疾病是最常见的常染色体隐性遗传疾病之一，是导致儿童死亡的最常见遗传原因，在6000–10,000例活产中会发生1例，在亚洲人群中发病率为1：8009，携带率为1：48。

该疾病根据发病年龄的不同可分为，SMA 0型、SMA I型、SMA II型、SMA III型、SMAIV型。SMA 0型，患病婴儿在子宫内活动减少，出生时有严重的肌无力，肌张力低下和呼吸窘迫等症状。SMA I型，在6个月之前发病，平均发病年龄为2.5个月，主要临床表现为近端对称肌肉无力、缺乏运动发育、深层腱反射减弱或缺失以及肌张力差。婴儿可能会有头部控制能力，但很快又消失。SMA II型，发病年龄为6-12个月之间，平均发病年龄为8.3个月，主要临床表现为不能独立站立或行走、手部震颤，深肌腱反射减弱至消失。SMA III型（也称为Kugelberg-Welander病），发病年龄在18个月以后，患者可以独立行走，但多数人会逐渐丧失这种能力，该类型患者心脏和认知功能通常正常。SMA IV型，通常在生命的第二个或第三个十年出现肌肉无力，心脏、认知功能及预期寿命是正常的，SMA IV是最不常见的SMA形式，仅影响不到5％的SMA患者。

现在技术中有多种检测SMA（脊髓性肌萎缩症）的遗传学方法，如多重链接探针扩增（MLPA）、实时定量基因扩增荧光检测系统（qPCR）、聚合酶链反应-限制性酶片段长度多态性（PCR-RFLP）等，这些检测方法存在流程上比较繁琐、或是检测成本比较昂贵、或是需要等待凑样本检测，检测周期长等问题。

发明内容

为解决上述问题，本发明提供一种操作流程简便、检测成本低廉、无需凑样、检测周期短、检测结果准确度高的基于sanger测序的SMA检测方法。

本发明所采用的技术方案是：基于sanger测序的SMA检测方法，包括如下步骤，

a、取待检测样本DNA，明确其SMN1基因第7号外显子第480号碱基染色体位；

b、获取待检测样本DNA的SMN1基因第480号碱基位置前后的核苷酸序列；

c、利用Primer Premier 5软件，针对步骤b中获得的核苷酸序列设计sanger引物组；

d、对待检测样本DNA进行PCR扩增；

e、对d的产物进行sanger测序，得到待检测样本DNA的SMN1基因第7号外显子第480号碱基C/T比值范围区间；

f、将步骤e中的测序结果进行比对，以确定待检测样本是否为SMA携带者；

对上述技术方案的进一步改进为，步骤a中，对染色体位的明确通过查阅ClinVar数据库获知。

对上述技术方案的进一步改进为，步骤b中，通过UCSC数据库，获取的核苷酸序列为待检测样本SMN1基因第480号碱基位置前后500bp的核苷酸序列。

对上述技术方案的进一步改进为，步骤c中，sanger引物组为