[发明专利]富士系列苹果特异性分子标记位点及其筛选方法和应用

说明书

本发明公开了8种富士系列苹果特异性分子标记位点及其筛选方法和应用，包括下列步骤：（1）取叶片提取基因组DNA；（2）按照简化基因组测序技术Super‑GBS方法构建文库，文库质检合格后上机测序；（3）对测序数据进行过滤后，筛选，验证，获得准确鉴定8种富士系列苹果的74个SNP标记位点；（4）在74个SNP标记位点当中筛选到几组能够高效鉴别8种富士系列苹果的SNP位点标记群；（5）基于这些位点标记群开发出一种简便、快速、准确鉴定8种富士系列苹果的PCR鉴定方法，为从源头准确控制苹果品种奠定技术基础。

技术领域

本发明涉及8种富士系列苹果特异性分子标记及其筛选方法和应用，属于生物技术领域。

背景技术

苹果为蔷薇科(Rosaceae)苹果亚科(Maloideae)苹果属(Malus MILL.)植物。富士苹果由日本农林水产省果树试验场盛冈分场育成的，国光为母本，元帅为父本，1962年正式命名。

富士苹果目前是我国的主栽苹果品种，数据显示，我国红富士苹果的产量占苹果总产量的65％。自引进富士苹果至今，50多年不断有新品系培育成功并推广种植，但由于富士系列苹果的品种是基于株变或者芽变的方式进行选育获得，基因差异非常小，品种差异甚至被个体差异所掩盖，因此区分特别困难，在我国种苗市场上，常出现品种混杂，农户购买种植的品种与实际需求不同等问题。随着我国农业集约型种植改革进程的发展，大面积种植逐渐取代了农户的分散种植，农户小面积种植对于品种的维权等问题的诉求相对较少，而大面积种植的新型农业公司具有较高的维权意识，这就给种苗繁育企业提出更高的要求，但富士系列品种形态差异、品质差异等方面特别细微，很容易混淆，2001富士、阿森泰克、富布瑞斯、红将军、首富3号、烟富10号、烟富3号和烟富6号8个品种占据我国富士品种种植量的80％以上，因此开发2001富士、阿森泰克、富布瑞斯、红将军、首富3号、烟富10号、烟富3号和烟富6号8种富士系列品种的鉴定方法对于种苗繁育、销售、果园种植的企业和果农具有重要的应用价值。

发明内容

针对现有技术中8种富士系列苹果及其不易鉴定的缺陷，本发明提供一种8种富士系列苹果的特异性分子标记位点及其筛选方法和应用，共筛选到74个品种特异性的SNP标记，基于这些标记开发出一种简便、快速、可靠鉴定8种富士系列苹果的PCR鉴定方法，为从源头上准确控制苹果品种奠定技术基础。

为解决上述技术问题，本发明采用下述技术方案予以实现：

首先，本发明提供一种利用简化基因组测序技术Super-GBS筛选8种富士苹果的特异性分子标记的方法，包括如下步骤：

(1)利用品种已知且准确的3株2001富士、7株阿森泰克、2株富布瑞斯、4株红将军、2株首富3号、4株烟富10号、3株烟富3号和7株烟富6号苹果为样品，取叶片提取基因组DNA；

(2)按照简化基因组测序技术Super-GBS方法构建文库，文库质检合格后上机测序；

(3)对测序数据进行过滤后，使用GATK获得SNP位点；

(4)对SNP进行过滤，过滤条件为：SNP测序深度不低于4；剔除MAF小于0.01的位点；剔除SNP分型缺失率高于20％的位点；剔除所有样品中分型一致的位点；

(5)根据每个品种的分型结果，筛选每个品种内所有个体分型完全一致、分型一致位点没有个体缺失，且与其他品种不同的位点；最终筛选到74个SNP位点，具体见表1：

(6)根据74个苹果特异的SNP分子标记，可以组合出几组高效的鉴定8种富士系列苹果的SNP位点组合群，其中一组鉴定8种富士系列苹果的SNP位点组合，其群特征在于，位点信息如表2。