[发明专利]参考蛋白质数据库的构建方法、存储介质、电子设备

权利要求书

1.一种参考蛋白质数据库的构建方法，其特征在于，包括如下步骤：

S2、获取公共数据库中的SNP位点信息,对SNP位点进行筛选，得到导致编码氨基酸改变的SNP位点列表；

S3、在SNP位点列表中根据样品的蛋白丰度筛选出表达量高的蛋白质的SNP位点；

S4、生成筛选后的SNP位点列表对应的可遗传变异肽，将所述可遗传变异肽加入公共蛋白质数据库的参考蛋白质序列，以生成基于样品的参考蛋白质数据库，所述参考蛋白数据库包含所述可遗传变异肽。

2.根据权利要求1所述的参考蛋白质数据库的构建方法，其特征在于所述步骤S2包括如下步骤：

S201、获取公共数据库的SNP位点信息；

S202、对所述公共数据库的SNP位点信息进行筛选，得到导致编码氨基酸改变的SNP位点列表。

3.根据权利要求2所述的参考蛋白质数据库的构建方法，其特征在于所述步骤S2还包括如下步骤：筛选人群突变频率大于等于预设阈值的SNP位点，所述人群突变频率包括次要等位基因频率或人群频率。

4.根据权利要求3所述的参考蛋白质数据库的构建方法，其特征在于所述步骤S2还包括如下步骤：所述预设阈值为0.005至0.5中的任意数。

5.根据权利要求1所述的参考蛋白质数据库的构建方法，其特征在于所述步骤S3包括如下步骤：

S301、对样品质谱数据进行常规蛋白质组学分析得到蛋白定量信息；

S302、根据蛋白定量信息，计算每个蛋白的总表达量，按表达量进行筛选，以得到基于样品的易被检测到的蛋白列表；

S303、根据所述蛋白列表对SNP位点列表进行筛选，仅保留所述蛋白列表中对应蛋白的SNP位点信息。

6.根据权利要求1所述的参考蛋白质数据库的构建方法，其特征在于所述步骤S4包括如下步骤：

S401、对筛选出的SNP位点列表，利用对样品处理所用的酶，对SNP位点的原始蛋白质序列和突变后的蛋白质序列进行理论酶切，比较获得两者特异性的肽段，以生成可遗传变异肽；

S402、下载公共蛋白质数据库的参考蛋白质序列，将不在参考蛋白质序列中的可遗传变异肽添加到参考蛋白质序列中，以生成所述参考蛋白质数据库。

7.根据权利要求1至6中任意一项所述的参考蛋白质数据库的构建方法，其特征在于所述步骤S4包括如下步骤：

将所有所述可遗传变异肽汇集为可遗传变异肽列表，所述可遗传变异肽列表中包括所述可遗传变异肽对应的SNP位点。

8.一种参考蛋白质数据库,所述参考蛋白质数据库通过所述权利要求1至6中任意一项所述参考蛋白质数据库的构建方法构建得到。

9.一种基于蛋白质组学测定SNP位点的方法，使用通过所述权利要求7所述的参考蛋白质数据库的构建方法构建得到参考蛋白质数据库以及可遗传变异肽列表，其特征在于，包括如下步骤：

S1、对样品进行蛋白质提取，用质谱仪进行蛋白质组学检测，采集质谱数据；

S5、将所述质谱数据在所述参考蛋白序列数据库中进行搜库，得到匹配的肽段图谱对应的样品肽段列表；

S6、将样品肽段列表与所述可遗传变异肽列表进行对比，以根据所述可遗传变异肽得到所述样品包含的SNP位点。

10.一种电子设备，其特征在于，包括：

处理器；以及

存储器，用于存储所述处理器的可执行指令；

其中，所述处理器配置为经由执行所述可执行指令来执行权利要求1至7中任意一项所述参考蛋白质数据库的构建方法。

11.一种计算机可读存储介质，其上存储有计算机程序，其特征在于，所述计算机程序被处理器执行时实现权利要求1至7中任意一项所述参考蛋白质数据库的构建方法。