[发明专利]环状化合物库的化学关环构建方法及环状化合物库在审
申请号: | 202110645996.1 | 申请日: | 2021-06-10 |
公开(公告)号: | CN115467029A | 公开(公告)日: | 2022-12-13 |
发明(设计)人: | 魏巍;刘辰;白远超 | 申请(专利权)人: | 亚飞(上海)生物医药科技有限公司 |
主分类号: | C40B50/18 | 分类号: | C40B50/18;C40B40/08 |
代理公司: | 上海浦一知识产权代理有限公司 31211 | 代理人: | 郑权 |
地址: | 201203 上海市浦东*** | 国省代码: | 上海;31 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 环状 化合物 化学 构建 方法 | ||
1.一种环状化合物库的化学反应关环构建方法,其特征在于,包括以下步骤:
1)将固相载体G直接或间接与含光可裂解基团的分子M相连接,得到G—M;
2)进行方法1、方法2、方法3、或方法4中的任一种;
方法1:按步骤a1~f1进行;
a1.将G—M与至少三官能团的连接分子L1反应相连接,得到G—M—L1;
b1.G—M—L1与起始核苷酸分子HP、开放引物OP依次反应,使起始核苷酸分子HP与固相载体G相连接,得到OP—HP—G—M—L1;
c1.OP—HP—G—M—L1与合成砌块C1、合成砌块C1所对应的DNA标签tag1反应,使合成砌块C1与L1相连接,DNA标签tag1与OP相连接,得到tag1—OP—HP—G—M—L1—C1;
d1.定义一组相对应的合成砌块和DNA标签的连接反应为一个扩展步骤,重复所述扩展步骤,使合成砌块依次拼接形成延长的链,以及使合成砌块所对应的DNA标签依次拼接形成延长的链,得到tagn—……—tag1—OP—HP—G—M—L1—C1……—Cn;其中,最末合成砌块Cn具有第一关环官能团:伯氨基(NH2—)、仲氨基(—NH—)、羟基(OH—)、或脲基(NH2CONH—);2≤n≤7且n为整数;
e1.将上一步所得产物与封闭引物CP反应,使封闭引物CP与tagn相连接,其中HP—OP—tag1—……—tagn—CP形成完整的DNA编码序列,得到DNA—G—M—L1—C1……—Cn;
f1.将上一步所得产物与关环端分子A反应,使关环端分子A与L1相连接,得到DNA—G—M—L1(—C1……—Cn)—A,即化合物库S1’;所述关环端分子A具有第二关环官能团
方法2:按步骤a2~f2进行;
a2.将G—M与具有至少四官能团的连接分子L1反应相连接,得到G—M—L1;
b2.将G—M—L1与起始核苷酸分子HP、开放引物OP依次反应相连接,其中起始核苷酸分子HP与连接分子L1相连接,得到G—M—L1—HP—OP;
c2.将上一步所得产物分别与合成砌块C1、合成砌块C1所对应的DNA标签tag1反应,使合成砌块C1与L1相连接,DNA标签tag1与OP相连接,得到G—M—L1(—HP—OP—tag1)—C1;
d2.定义一组相对应的合成砌块和DNA标签的连接反应为一个扩展步骤,重复所述扩展步骤,使合成砌块依次拼接形成延长的链,以及使合成砌块所对应的DNA标签依次拼接形成延长的链,得到G—M—L1(—HP—OP—tag1—……—tagn)—C1—……—Cn;其中2≤n≤7且n为正整数;
e2.将步骤d2所得产物与封闭引物CP反应,使封闭引物CP与tagn相连接,其中HP—OP—tag1—……—tagn—CP形成完整的DNA编码序列,得到G—M—L1(—DNA)—C1—……—Cn;
f2.将步骤e1所得产物与关环端分子A反应,使关环端分子A与L1相连接,得到G—M—L1(—DNA)(—C1……—Cn)—A,即化合物库S2’;所述关环端分子A具有第二关环官能团
方法3:按步骤a3~i3进行;
a3.将G—M与至少五官能团的连接分子L1反应相连接,得到G—M—L1;
b3.G—M—L1与起始核苷酸分子HP、开放引物OP依次反应,使起始核苷酸分子HP与固相载体G相连接,得到OP—HP—G—M—L1;
c3.OP—HP—G—M—L1与合成砌块C1、合成砌块C1所对应的DNA标签tag1反应,使合成砌块C1与L1相连接,DNA标签tag1与OP相连接,得到tag1—OP—HP—G—M—L1—C1;
d3.定义一组相对应的合成砌块和DNA标签的连接反应为一个扩展步骤,重复所述扩展步骤,使合成砌块依次拼接形成延长的链,以及使合成砌块所对应的DNA标签依次拼接形成延长的链,得到tagn—……—tag1—OP—HP—G—M—L1—C1……—Cn;其中,最末合成砌块Cn具有第一关环官能团:伯氨基(NH2—)、仲氨基(—NH—)、羟基(OH—)、或脲基(NH2CONH—);0≤n≤7且n为整数;
e3.上一步所得产物与关环端分子A、关环端分子A所对应的DNA标签tagA反应,使关环端分子A与L1相连接,并使tagA与tagn相连接,得到tagA—tagn—……—tag1—OP—HP—G—M—L1(—C1……—Cn)—A;所述关环端分子A具有第二关环官能团
f3.将上一步所得产物在20℃~40℃下于HEPES缓冲溶液中进行分子内关环反应,使最末合成砌块Cn的第一关环官能团与关环端分子A的第二关环官能团反应成环,得到
g3.将上一步所得产物按照所述扩展步骤与合成砌块Cn+1,……,Cn+m及其所对应的DNA标签tagn+1,……,tagn+m依次反应,使合成砌块Cn+1与L1相连接且DNA标签tagn+1与tagA相连接,得到其中,最末合成砌块Cn+m具有第一关环官能团:伯氨基(NH2—)、仲氨基(—NH—)、羟基(OH—)、或脲基(NH2CONH—);0≤m≤7且m为整数,2≤n+m≤7;
h3.将上一步所得产物与封闭引物CP反应,使封闭引物CP与tagn+m相连接,其中HP—OP—tag1—……—tagn+m—CP形成完整的DNA编码序列,得到
i3.将上一步所得产物与关环端分子A反应,使关环端分子A与L1相连接,得到
即化合物库S3’;所述关环端分子A具有第二关环官能团
方法4:按步骤a4~i4进行;
a4.将G—M与具有至少六官能团的连接分子L1反应相连接,得到G—M—L1;
b4.将G—M—L1与起始核苷酸分子HP、开放引物OP依次反应相连接,其中起始核苷酸分子HP与连接分子L1相连接,得到G—M—L1—HP—OP;
c4.将上一步所得产物分别与合成砌块C1、合成砌块C1所对应的DNA标签tag1反应,使合成砌块C1与L1相连接,DNA标签tag1与OP相连接,得到G—M—L1(—HP—OP—tag1)—C1;
d4.定义一组相对应的合成砌块和DNA标签的连接反应为一个扩展步骤,重复所述扩展步骤,使合成砌块依次拼接形成延长的链,以及使合成砌块所对应的DNA标签依次拼接形成延长的链,得到G—M—L1(—HP—OP—tag1—……—tagn)—C1—……—Cn;其中,最末合成砌块Cn具有第一关环官能团:伯氨基(NH2—)、仲氨基(—NH—)、羟基(OH—)、或脲基(NH2CONH—);2≤n≤7且n为整数;
e4.将步骤d4所得产物与与关环端分子A、关环端分子A所对应的DNA标签tagA反应,使关环端分子A与L1相连接,并使tagA与tagn相连接,得到G—M—L1(—HP—OP—tag1—……—tagn—tagA)(—C1……—Cn)—A;所述关环端分子A具有第二关环官能团
f4.将上一步所得产物在20℃~40℃下于HEPES缓冲溶液中进行分子内关环反应,使最末合成砌块Cn的第一关环官能团与关环端分子A的第二关环官能团反应成环,得到
g4.将上一步所得产物按照所述扩展步骤与合成砌块Cn+1,……,Cn+m及其所对应的DNA标签tagn+1,……,tagn+m依次反应,使合成砌块Cn+1与L1相连接且DNA标签tagn+1与tagA相连接,得到其中,最末合成砌块Cn+m具有第一关环官能团:伯氨基(NH2—)、仲氨基(—NH—)、羟基(OH—)、或脲基(NH2CONH—);0≤m≤7且m为整数,2≤n+m≤7;
h4.将上一步所得产物与封闭引物CP反应,使封闭引物CP与tagn+m相连接,其中HP—OP—tag1—……—tagn+m—CP形成完整的DNA编码序列,得到
i4.将上一步所得产物与关环端分子A反应,使关环端分子A与L1相连接,得到
即化合物库S4’;所述关环端分子A具有第二关环官能团
3)将化合物库S1’、S2’、S3’或S4’在20℃~40℃下于HEPES缓冲溶液中进行分子内关环反应,使最末合成砌块的第一关环官能团与关环端分子A的第二关环官能团反应成环,分别得到即环状化合物库S1;
或者得到即环状化合物库S2;
或者得到即具有双环结构的环状化合物库S3;
或者得到即具有双环结构的环状化合物库S4。
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