[发明专利]一种来源于GMC氧化酶家族的新型氯霉素耐药基因的PCR检测方法

说明书

本发明提出一种来源于GMC氧化酶家族的新型氯霉素耐药基因的PCR检测方法，对该GMC氧化酶家族的新型氯霉素耐药基因设计全长扩增引物，通过优选获得最佳特异性引物的上游引物核苷酸序列为SEQ ID NO.1，下游引物核苷酸序列为SEQ ID NO.2，进而建立快速的氯霉素抗性基因PCR检测方法，实现环境样品中该新型耐药基因的快速检测，便于及时评估环境风险。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，特别涉及一种来源于GMC氧化酶家族的新型氯霉素耐药基因的PCR检测方法。

背景技术

抗生素的广泛使用以及滥用造成了抗生素耐药性在微生物中的发展和传播，并且加速了全球多重耐药细菌和抗生素抗性基因(Antibiotic resistance genes，ARGs)的出现和传播。在医疗和农业中对抗生素的需求日益增加，这使得环境中细菌耐药性水平日益加剧，并且破坏了微生物和抗生素之间的自然平衡。

ARGs作为一种新型的环境污染物，广泛存在于人类、动物体内以及复杂的环境中。人和动物会将未代谢完的抗生素及ARGs通过粪便和肠道细菌排放到环境中，环境中的耐药细菌会在抗生素选择压力下获得富集，或通过水平基因转移(Horizontal gene transfer，HGT)的方式将它们携带的ARGs传播到水原微生物中，造成ARGs在不同菌之间的传播，这些原因共同促成了ARGs在畜禽养殖废水、医院废水和生活污水中的传播和扩散，从而造成耐药细菌的聚集，尤其是致病耐药菌的聚集危害极大。

氯霉素是目前市场上最广谱抗菌素药物之一，其抗菌作用机制是与核蛋白体50S亚基结合，抑制肽酰基转移酶，从而抑制蛋白质合成。氯霉素对大多数革兰氏阴性以及阳性细菌、流感杆菌、百日咳杆菌、痢疾杆菌、大肠杆菌、肺炎杆菌、变形杆菌、绿脓杆菌、立克次体、沙眼衣原体等都能有效控制。正是由于其在生物医药领域应用非常广泛，大量的氯霉素类抗生素被投入使用，细菌对氯霉素类耐药的现象也越趋严重。

申请人在专利名称为“氯霉素的新型抗性基因及其应用”，专利公开号为“CN112111502 A”的在先申请中，公开了从环境中分离到一株对氯霉素具有很高的耐药性的鞘氨醇单胞菌，通过RNA转录组测序，发现GMC氧化酶家族编码的一个氧化还原酶基因在氯霉素的刺激下显著高表达，而且也通过异源表达的方式验证了这个基因的耐药功能。现有技术中还未报道关于该氯霉素抗性基因的检测相关的技术。

发明内容

本发明的主要目的是提供一种检测氯霉素抗性基因的引物对，旨在实现对氯霉素抗性基的快速检测，提高氯霉素耐药性的检出率。

为实现上述目的，本发明提出一种检测氯霉素抗性基因的引物对，包括：

上游引物，所述上游引物的核苷酸序列为SEQ ID NO.1；

下游引物，所述下游引物的核苷酸序列为SEQ ID NO.2。

本发明还提出一种检测氯霉素抗性基因的引物对，所述上游引物的核苷酸序列包括与SEQ ID NO.1差别为任意一个碱基的核苷酸序列，所述下游引物的核苷酸序列为SEQID NO.2。

本发明还提出一种检测氯霉素抗性基因的引物对，所述上游引物的核苷酸序列为SEQ ID NO.1，所述下游引物的核苷酸序列包括与SEQ ID NO.2差别为任意一个碱基的核苷酸序列。

本发明还提出一种检测氯霉素抗性基因的引物对，所述上游引物的核苷酸序列包括与SEQ ID NO.1差别为任意一个碱基的核苷酸序列；

所述下游引物的核苷酸序列包括与SEQ ID NO.2差别为任意一个碱基的核苷酸序列。

本发明还提出如上述任意一项所述的一种检测氯霉素抗性基因的引物对在制备检测氯霉素抗性基因的试剂盒中的用途。

本发明还提出一种检测氯霉素抗性基因的试剂盒，包括上述任意一项所述的一种检测氯霉素抗性基因的引物对。