[发明专利]与控制辣椒果实辣椒素含量紧密连锁SNP及其特异性引物和应用

说明书

本发明涉及分子标记领域，具体涉及与控制辣椒果实辣椒素含量紧密连锁SNP及其特异性引物和应用。本发明通过对311份一年生辣椒材料进行全基因组关联分析，找到了位于6号染色体上与控制辣椒素含量显著相关的SNP位点，并确定了候选基因Capana06g001204，在此基因上有1个与辣椒素含量显著关联的SNP位点，设计了相关CAPS引物加以应用。本研究利用大样本量进行关联分析，使得SNP相关分子标记具有更广泛的应用范围。

技术领域

本发明涉及分子标记领域，具体涉及与控制辣椒果实辣椒素含量紧密连锁SNP及其特异性引物和应用。

背景技术

辣椒果实辣味的形成由于辣椒素类物质的合成，辣椒素类物质含量在辣椒中呈现出数量性状遗传，前人报道辣椒素类物质含量定位到了较多的数量性状位点(Quantitativetrait locus,QTL)，Yarnes等(2012)将辣椒素类物质含量定位到了6个染色体上的12个QTL位点；Ben Chaim等(2006)将其定位到4号染色体；Blum等通过BSA(Bulkedsegregant analysis)将一个主效QTL定位到7号染色体，Zhu等(2019)也在7号染色体定位到了控制辣椒素类物质含量的主效QTL，并确定了候选基因Pun3，此基因为转录因子MYB31；Nimmakayala等(2016)利用94份辣椒材料，通过全基因组关联分析(Genome wideassociated study,GWAS)，找到了14个与辣椒素和二氢辣椒素含量显著关联的SNPs；Lee等(2016)将辣椒素含量的QTL位点定位到3号和6号染色体，将二氢辣椒素含量的QTL位点定位到2号染色体。通过前人的报道可知，辣椒素类物质含量的遗传比较复杂，在不同的遗传背景下有很大的差异，在多个染色体多个区段均有控制相关性状的基因，对于此遗传性状相关基因及分子标记的利用需要结合不同的遗传背景。

发明内容

本发明的目的是提供与控制辣椒果实辣椒素含量紧密连锁SNP的应用。

本发明的再一目的是提供与控制辣椒果实辣椒素含量紧密连锁SNP的特异性引物。

本发明的再一目的提供上述与控制辣椒果实辣椒素含量紧密连锁SNP的特异性引物的应用。

本发明的再一目的提供鉴定辣椒果实辣椒素含量的方法。

本发明提供了与控制辣椒果实辣椒素含量紧密连锁SNP的应用，其中，在染色体22820065bp位点处的碱基为T时，则辣椒素含量小于2000mg/kg；此处碱基为C时，则辣椒素的含量大于2000mg/kg。

根据本发明的与控制辣椒果实辣椒素含量紧密连锁SNP的特异性引物的核苷酸序列为：

前引物为F：5’CCTTCTGCTTAGGAGAGACACGACA3’，后引物为R：5’CCCACATTCTGCCTTTGCCATGAAT3’。

本发明提供了上述特异性引物的应用，所述特异性引物用于鉴定辣椒果实的辣椒素含量。

本发明提供了鉴定辣椒果实的辣椒素含量的方法，所述方法包括使用与控制辣椒果实辣椒素含量紧密连锁SNP的特异性引物进行PCR鉴定的步骤，所述特异性引物的核苷酸序列为：

前引物为F：5’CCTTCTGCTTAGGAGAGACACGACA3’，后引物为R：5’CCCACATTCTGCCTTTGCCATGAAT3’。

根据本发明的鉴定辣椒果实的辣椒素含量的方法，其中，PCR扩增产物为140bp，PCR产物经SspI酶切产物，所述SNP位点为碱基T时，可以酶切开，酶切产物经呈现2条条带，则辣椒素小于2000mg/kg；SNP位点为变异类型碱基，即为C时，不能酶切开，酶切产物经琼脂糖凝胶电泳呈现1条条带，辣椒素的含量大于2000mg/kg。