[发明专利]一种用于鉴定椰子高矮品种的SNP位点及应用

说明书

本发明公开了一种用于鉴定椰子高矮品种的SNP位点及应用，本发明发现椰子Cn.GA20ox基因上游启动子序列的一个多态性位点与椰子株高表型存在紧密关联，通过检测这个多态性位点可以高效鉴定高矮椰子品种，本发明还公开了高矮椰子品种分子水平的鉴定方法，通过提取椰子基因组DNA，以提取得到的DNA为模板，设计基于SNP的KASP(Kompetitive Allele Specific PCR，竞争性等位基因特异性PCR)引物，和通用反向引物一起进行PCR扩增目的片段，利用荧光探针可实现SNP的分型，从而达到高效精准鉴定高矮椰子品种的目的。

技术领域

本发明属于分子生物学领域，具体涉及一种用于鉴定椰子高矮品种的SNP位点及应用。

背景技术

椰子(Cocos nucifera L.)为棕榈科椰子属植物，为重要的热带木本油料作物，具有极高的经济价值，全株各部分都有用途：椰肉可榨油、生食、作菜，也可制成椰奶、椰蓉、椰丝、椰子酱罐头和椰子糖、饼干，椰子水可作清凉饮料，椰纤维可制毛刷、地毯、缆绳等，椰壳可制成各种工艺品、高级活性炭，树干可作建筑材料，叶子可盖屋顶或编织，椰子树形优美，是热带地区绿化美化环境的优良树种，椰子根可入药，椰子水除饮用外，因含有生长物质，是组织培养的良好促进剂。

椰子分为高种椰子和矮种椰子，其中高种椰子是世界上种植量最大的商品性椰子。高种椰子植株高15-30米，基部膨大，异株授粉，7-8年开始结果，含油率高，经济寿命长达70-80年。矮种椰子按果实和叶片颜色分为红矮、黄矮和绿矮三类。植株高约5-15米，自花授粉，3-4年开始结果，果小而多，椰肉薄、软，含油率低，经济寿命30-40年，主要作水果、杂交亲本和观赏用。我国椰子种植已有2000多年的历史，从上世纪50年代就开始有少量引进，在80年代后大量引种，并在中国热带农业科学院椰子研究所建立了椰子种质圃。现椰子种植主要在海南省的文昌县、琼海市、万宁县、陵水县、三亚市等,广东上川与下川岛、云南西双版纳、广西北海、台湾南部等地也有零星种植。目前我国椰子种植面积为50万亩，年产椰果2.43亿个，加工需求量却超过25亿个果实，所以我国椰子产业发展在很大程度上依赖进口提供。

株高是椰子育种最重要的农艺性状之一，直接决定椰子的产量。目前椰子育种主要采用传统育种方式，存在周期长、效率低等缺点，基于SNP的分子标记育种可以在DNA水平上进行快速筛选，显著提高椰子高矮的鉴定效率和准确度，并且可以在椰子苗期鉴定出具有优良性状的个体，从而缩短育种周期，加快育种进程。由此发现用于鉴定椰子高矮品种的SNP位点，提高了筛选效果就成本亟待解决的问题。

发明内容

本发明所要解决的技术问题为：如何提供一种高效准确鉴定椰子高矮品种的SNP位点及其应用。

本发明的技术方案为：椰子高矮性状相关单核苷酸多态性SNP位点，位于椰子Cn.GA20ox基因启动子上游，定位于SEQ ID No.1所示的核苷酸序列的第382位，该位点碱基由T/C，此位点的多态性与株高性状显著关联。

上述所述的SNP位点在椰子高矮性状选育上的应用。

进一步地，提取待鉴定椰子基因组DNA，以提取得到的基因组DNA为模板，设计基于该SNP的KASP正向引物F1、F2和通用反向引物R一起进行PCR扩增目的片段，利用荧光探针实现SNP的分型，当基因型为TT时为高种椰子品种，当基因型为CC时为矮种椰子品种。

进一步地，KASP正向引物F1的核苷酸序列如SEQ ID No.2所示，KASP正向引物F2的核苷酸序列如SEQ ID No.3所示，KASP通用反向引物R的核苷酸序列如SEQ ID No.4所示。

进一步地，所述正向引物F1前端为FAM标记，正向引物F2前端为HEX标记。

与现有技术相比，本发明具有以下有益效果：