[发明专利]一种SNP分型检测方法

说明书

本公开提供了SNP分型检测方法，包括：(I)使待测DNA与基因芯片杂交，基因芯片上固定有磷酸化的芯片探针，芯片探针朝外的5’端最后一个碱基为U碱基，芯片探针中紧邻U碱基下游3’方向的序列与待测DNA中紧邻SNP位点上游5’方向的序列反向互补，SNP位点与U碱基的位置相对应；(II)加入随机引物或特异性引物、dNTP和DNA聚合酶，合成与待测DNA中紧邻SNP位点下游3’方向的序列反向互补的序列；(III)加入能够催化U碱基切割的酶和能够催化AP位点的3’和5’端磷酸二酯键断裂的酶，在U碱基的位置处产生核苷酸缺口；(IV)加入DNA聚合酶和DNA连接酶，以及带有生物标记物的dATP、dTTP、dCTP、dGTP、dUTP中的一种或多种；(V)针对所述生物标记物对基因芯片进行检测，以确定SNP位点的基因型。

技术领域

本公开提供了一种SNP分型检测方法。

背景技术

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)是在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性，即DNA序列中单个碱基的差别。在自然界中，SNP广泛存在，对于SNP的检测分析在药物研制、临床检验和基因突变诊断等方面具有重要意义。

目前的SNP检测方法大致可以分为两大类：一大类是基于凝胶电泳的传统经典的SNP检测方法，以单链构象多态性、变性梯度凝胶电泳、酶切扩增多态性序列、等位基因特异性PCR等为代表；另一大类是高通量、自动化程度较高的SNP检测方法，以直接测序、基因芯片、变性高效液相色谱、质谱检测技术、高分辨率溶解曲线等为代表。

基因芯片技术是半导体工业技术里的微细加工技术和分子生物学的结合，在一个基片表面集成了大量密集排列的基因探针。利用基因芯片的SNP检测方法根据已知的SNP位点设计两种或者多种探针，将设计好的探针固定在特殊的载体上，基于杂交、引物延伸、连接等不同的方式实现对SNP位点的分型检测。该方法实现了快速、高效、并行的多态信息分析，是常用的一种高通量SNP分析方法。

发明内容

本公开可以提供一种SNP分型检测方法，所述方法包括以下步骤：

(I)使待测DNA与基因芯片杂交，所述基因芯片上固定有磷酸化的芯片探针，所述芯片探针朝外的5’端最后一个碱基为U碱基，所述芯片探针中紧邻U碱基下游3’方向的序列与所述待测DNA中紧邻SNP位点上游5’方向的序列反向互补，所述SNP位点与U碱基的位置相对应；

(II)加入随机引物或特异性引物、dNTP和DNA聚合酶，合成与所述待测DNA中紧邻所述SNP位点下游3’方向的序列反向互补的序列；

(III)加入能够催化U碱基切割的酶和能够催化AP位点的3’和5’端磷酸二酯键断裂的酶，在所述U碱基的位置处产生核苷酸缺口；

(IV)加入DNA聚合酶和DNA连接酶，以及带有生物标记物的dATP、dTTP、dCTP、dGTP、dUTP中的一种或多种；

(V)针对所述生物标记物对基因芯片进行检测，以确定所述SNP位点的基因型。

本公开还可以提供包含5’端最后一个碱基为U碱基的芯片探针的基因芯片用于SNP分型检测的用途，其中所述芯片探针中紧邻U碱基下游3’方向的序列与待测DNA中紧邻SNP位点上游5’方向的序列反向互补，所述SNP位点与U碱基的位置相对应。

附图说明

图1示出了：现有技术中通过经典连接法对A/C、A/G、T/C或T/G型的SNP进行分型的原理图，其中显色探针覆盖SNP位点，捕获探针未覆盖SNP位点，还单独示出了所使用的四种显色探针。

图2示出了：现有技术中通过经典连接法对A/T或C/G型的SNP进行分型的原理图，其中捕获探针覆盖SNP位点，显色探针未覆盖SNP位点。

图3示出了：根据本公开的SNP分型检测方法的原理图。