[发明专利]一种基于密码子突变位点检测氨基酸突变的方法

权利要求书

1.一种基于密码子突变位点检测氨基酸突变的方法，其特征是，包括如下步骤：

步骤S1：首先将数据进行预处理，获取原始密码子数据集C_1;

步骤S2：通过CMD算法获取单个碱基突变后的密码子数据集C₂；

步骤S3：通过CMD算法获得氨基酸数据集S₁和S₂;

步骤S4：对氨基酸数据集S1和S2进行比对；

步骤S5：输出氨基酸突变数据。

2.根据权利要求1所述的一种基于密码子突变位点检测氨基酸突变的方法，其特征是，所述密码子数据集C1中储存了碱基位点信息，所述碱基位点信息包括：碱基位点所在的位置、碱基位点的起始位点、碱基位点的终止位点。

3.根据权利要求1或2所述的一种基于密码子突变位点检测氨基酸突变的方法，其特征是，所述步骤S1所述的数据预处理包括如下步骤：

步骤S11：输入全基因组参考序列数据；

步骤S12：读取数据，所述读取的数据为密码子的碱基位点信息。

4.根据权利要求3所述的一种基于密码子突变位点检测氨基酸突变的方法，其特征是，所述步骤S2包括如下步骤：

步骤S21：通过定义函数定位突变碱基，用突变碱基密码子替换数据集C₁中的对应位置的碱基位点信息。

5.根据权利要求4所述的一种基于密码子突变位点检测氨基酸突变的方法，其特征是，所述步骤S3包括如下步骤：

步骤S31：读取氨基酸数据；

步骤S32: 遍历密码子数据集C₁和密码子数据集C₂;

步骤S33：分别找出数据集C₁和数据集C₂所编码的氨基酸，分别记为数据集S₁和数据集S₂。

6.根据权利要求5所述的一种基于密码子突变位点检测氨基酸突变的方法，其特征是，所述步骤S4包括如下步骤：

步骤S41：遍历数据集S₁和数据集S₂;

步骤S42：判断数据集S1和数据集S2中对应的两个氨基酸是否相同；若是，输出S，若否，输出NS；

步骤S43：将数据集S1、数据集S2和步骤S42的判断结果存储在输出文件中；

步骤S44：判断数据集S1和数据集S2是否为空，若是，输出步骤S43的输出文件，若否，则回到步骤S41。

7.根据权利要求6所述的一种基于密码子突变位点检测氨基酸突变的方法，其特征是，步骤S21中所述的定义函数为：

def replaceString (string, number, replace)；

其中，string表示密码子字符串；number表示密码子中突变的碱基位数；replace表示突变的碱基。

8.根据权利要求7所述的一种基于密码子突变位点检测氨基酸突变的方法，其特征是，步骤S12中所述的读取数据包括用“fileobject.readlines([sizeint])” 读取数据。