[发明专利]冠心病的多基因遗传风险综合评分的构建方法与装置及应用

说明书

本发明提供了一种冠心病的多基因遗传风险综合评分(metaPRS)构建方法与装置及其应用。本发明的冠心病多基因遗传风险综合评分的构建方法包括：筛选与冠心病相关和/或与冠心病相关表型相关的SNP的集合；检测个体的待测SNP的基因型；从全基因组关联研究结果中分别提取所测SNP对应于多个亚表型的危险等位基因、效应值及P值，构建多个候选亚表型PRS并筛选最佳亚表型PRS；确定各个亚表型PRS的权重；将亚表型PRS的权重转化为SNP水平的权重；构建冠心病多基因遗传风险综合评分metaPRS。本发明对冠心病发病风险预测和精细化分层具有重要意义。

技术领域

本发明是关于一种冠心病的多基因遗传风险综合评分(metaPRS)的构建方法与装置及其应用。

背景技术

心血管疾病(CVD)的发生发展受到遗传因素和环境因素的共同作用。

在心血管疾病的一级预防中，风险预测和评估起着至关重要的作用。遗传因素作为稳定且可量化的终生标记，长期以来一直被期望能用于疾病的风险评估，以促进心 血管疾病的精准预防。在过去的10年里，全基因组关联研究已经成功识别出了上百 个与冠心病以及冠心病相关表型(血脂水平、血压、2型糖尿病和BMI)存在显著关 联的区域。最近，整合多个遗传变异信息的冠心病多基因遗传风险评分(PRS)已经 被成功开发，并用于冠心病风险预测的临床效用评估(Eur.Heart.J.37,561-567(2016)； Nat.Genet.50,1219-1224(2018)；J.Am.Coll.Cardiol.72,1883-1893(2018)；Eur.Heart. J.37,3267-3278(2016)；Jama323,627-635(2020)；Jama323,636-645,(2020)；JAMA Cardiol...3,693-702(2018)；N.Engl.J.Med.375,2349-2358(2016))。然而，几乎所有 这些遗传评分均是基于欧洲人群构建的，不同人群间变异位点频率的不同、连锁不平 衡模式的差异导致了欧洲人群的评分不能在东亚和中国人群中使用。其次不同人群间 生活方式、其他危险因素以及潜在的基因-环境交互作用的不同，也会导致这种异质 性。有研究报道这些遗传评分的预测效果在其他种族群体中预测效能明显下降。

因此，迫切需要开发东亚人群特别是中国人群的遗传风险评分。

发明内容

本发明的一个目的在于提供一种冠心病的多基因遗传风险评分的构建方法。

本发明的另一目的在于提供一种构建冠心病多基因遗传风险评分的装置。

具体而言，一方面，本发明提供了一种冠心病多基因遗传风险评分的构建方法，其是一种冠心病多基因遗传风险综合评分的构建方法，该方法包括步骤：

(1)筛选与冠心病相关或与冠心病相关表型相关(达到全基因组显著关联)的 单核苷酸多态性位点(SNP)的集合；其中冠心病相关表型包括：血压、2型糖尿病、 血脂、肥胖和脑卒中；

(2)基于步骤(1)中的单核苷酸多态性位点进行基因分型；

(3)从全基因组关联研究结果中分别提取所测SNP对应于多个亚表型的危险等 位基因、效应值及P值，构建多个候选亚表型PRS并筛选最佳亚表型PRS；

(4)确定各个亚表型PRS的权重；

(5)将亚表型PRS的权重转化为SNP水平的权重；

(6)构建冠心病多基因遗传风险综合评分metaPRS。

根据本发明的具体实施方案，本发明的冠心病多基因遗传风险评分的构建方法中， 冠心病相关表型血压包括：收缩压、舒张压、脉压、平均动脉压和高血压；冠心病相 关表型肥胖(体质指数)包括体重指数、腰围和腰臀比；冠心病相关表型血脂包括总 胆固醇、低密度脂蛋白胆固醇、甘油三酯和高密度脂蛋白胆固醇。